1.首先进入TCGA官网
TCGA官网网址:GDC (cancer.gov)
2.注意所圈出的Cart,如果Cart旁边的数字不为0,就将其清空为0,防止之后选择的数据各种类型的混在一起。是0就不管这一步。请问Cart后,点击Home返回主页继续如下操作。
所圈的为去除Cart内容的选项,去除后返回Home
3.根据你所研究的癌症输入相关缩写
TCGA癌症缩写相关文章:TCGA癌症缩写/中英文对照(33类) - 简书 (jianshu.com)
比如我要研究肝细胞癌预后相关,通过缩写了解,肝细胞癌英文缩写是LIHC,于是在搜索栏输入LIHC,如图,点击进入。
选择如图圈出的,点击有蓝色下划线的数字
4.先在Cases筛选出选出如图所圈的三个选项
5.再去Files中筛选,如图所圈四个选项
6.先点击所圈的Files,然后点击Access旁边的蓝色选项,选中图中所圈内容,这样我们就把选择好的内容放进我们的Cart中了。
7.下载所圈的数据,Sample Sheet和Download中的Cart。注意:可能因为网络问题,看似点了没有下载,其实并不是没有下载,而是需要缓一段时间才会显示下载条,如果你太急连续点了好几下,有可能等下突然多出数个同样项目的下载文件。
8.将刚下载的数据全部剪切放到你专门研究的文件夹
下次更新数据整理的相关代码,与详细讲解。