金朝 置翰林学士院，设翰林学士承旨、翰林学士等，掌草诏等事，地位较辽朝要高，与北宋相仿。
元朝 设翰林兼国史院及蒙古翰林院，官制与金代相同，分掌制诰文字、纂修国史及译写文字。
明朝 翰林院以永乐朝为界，经历了先盛后衰的过程。
明朝初期，继承宋朝制度，改翰林学士院为翰林院，以翰林学士承旨为首，为正三品，其下有学士、侍讲学士、侍读学士、待制、应奉和典籍等官职。后又降翰林学士为正五品，并革除学士承旨、直学士、待制、应奉等官职，另设《五经》博士、修撰、编修和检讨。]初时的翰林院官员是经过荐举入职，与科举无关。
天顺二年开始与进士挂钩，一甲进士授翰林院修撰，二甲为编修，以下为检讨。以后又将二甲、三甲中优秀者选为庶吉士，相当于“见习翰林”。至此，形成“非进士不入翰林”的局面[。
翰林参预政治的方式是通过内阁。内阁位于文渊阁，初时的大学士一般由翰林官员担任，后来连六部官员也有以翰林充任的。翰林品秩虽低，却是显贵的官职。虽为五品，宴祀时可以坐到四品官员之上。
明成祖朱棣li靖难篡位后，开始重用内阁，而翰林院逐步与内阁分开，权力被削弱。宣德年初，内阁分为东西两房。西房为“能书者”之处，称为“西制敕房”；东房由学士等制订敕令的人组成，称为“东诰敕房”。七年（1442年），在文渊阁外另造翰林院，等闲者不得入文渊阁。这样，翰林院与文渊阁分离，翰林学士已不能查看诰敕，改由内阁掌管。此后制订诰敕等机密大事全由阁臣操办，翰林院已无法干预。即使如此，内阁重臣仍皆出身翰林，“非翰林不入内阁”。
