书院是我国古代的一种特殊的教育组织形式，一般由民办或者民众自发组织的，民间集资，有一些饱学之士或者大儒领导，担任主讲，管理者，讲解古诗文，传统典籍，是私学的形式，也有演变为官方代表的办学。中国书院众多，著名的书院有河南睢阳的应天书院、湖南长沙的岳麓书院、江西庐山的白鹿洞书院、河南登封太室山的嵩阳书院。此外还有湖南衡阳的石鼓山的石鼓书院、江西上饶的鹅湖书院，古代造纸印刷技术，相对于现代数字媒体，不广泛，纸质书少，能读到书，得到名师指路点拨，更是难，这些书院在不同时代，为培养文化知识传播，经典书籍的流传传承起到很重要的作用，更是为当时培养了众多的人材，为不同的朝代在一定时期内输送了人材，通过科举考试，朝代皇帝选拔，建言献策参与治国，推动封建官僚体制前进，古时候不同地区，有一座书院，或许周边的士子，后进学生，不惧怕路途，披星戴月也会前来求学，等待山长经学日讲，日日在学业精进，道德修养方面到达先贤的高度，立功，立德，立言是大丈夫立于天地间的宏大目标。
在北宋政和元年，求学于二程，号称程门四大弟子的学者杨时到访无锡时，见无锡城东门内，古木林立森天，与他曾居住过的庐山东林寺颇多相似之处，便在无锡地方官李夔（主持抗金名将李纲之父）的帮助下，开办书院讲学，名曰“东林书院”，这是东林书院的开端。
杨时被尊为闽学鼻祖，今天在东林书院内可以看到一处石刻，说的是，杨时当年一次南归时，其师程颢目送他曰：“吾道南矣”。后杨时居东林长期讲学，故曰：当年道果南。他与游酢“程门立雪”的故事成为后世的尊师重道的佳话。
明代万历年间，顾宪成、高攀龙等学者，在朝中因言事，刺弊，被罢官职后，回到家乡无锡研究传统文化。由于讲学需要，积极得上呈无锡当时地方官，请求在宋代杨时讲学原址上，修复东林书院。同年四月，无锡地方官批准顾宪成等人的请求，东林书院进行修复工程，工程由顾宪成仲兄顾自成亲自组织督理。同年九月，东林书院修复工程告竣，修复后的东林书院，顾宪成担任东林书院山长，相当于今天的一校之长，进行讲学。
明天启年间，以魏忠贤为首的阉党把持朝柄，弄权乱政，将与东林书院讲学者有联系的正直官员统称为“东林党”人，加以迫害；并大兴冤狱，向全国颁示共三百多人的《东林党人榜》，进行公开通缉，大批东林人士遭到残酷打击迫害，许多人冤死诏狱。下令拆毁东林书院。书院主要建筑依庸堂先被拆毁，后期书院被大部拆毁，书院西侧的道南祠，因系用官资建造，用以表彰，创始人杨时及其在无锡门人弟子的专祠，故未被拆除。
往后到了清朝，东林书院被后世学人，逐渐修葺和重建。之后1947年，东林书院（东林小学）祠宇岁久失修，吴敬恒、华文川、钱基博、钱基厚、顾宝琛、唐文治等等30位无锡文人发起重修，集议恢复明清讲学旧观。1994年，东林书院文保所更名为东林书院文物管理处，修复东林书院（东林小学）内来复斋、晚翠山房、重建大门、石桥、泮池、西廊等。
东林精舍门额上题写有“洛闽中枢”四字。洛指“洛学”，即北宋二程（颢、颐）之学，因二程兄弟为洛阳人，故称“洛”。闽指福建朱熹“闽学”。中枢指重要部分或中心部分。此处喻指东林书院创办人杨时。他系二程高足，朱熹是他的三传弟子，他对宋代理学南传作出重大贡献。他将洛学南传后，成为闽学的鼻祖。朱熹成为理学集大成者。反映了东林学派继承推崇程朱理学的思想主张 。
院内的依庸堂始建于明万历，即依乎《中庸》之意。此堂为东林书院主体建筑，被称为东林学派学术领地象征。堂前悬挂有对联“风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事关心”，由东林领袖顾宪成所撰，是东林志士读书讲学，心系天下，不忘国家安危的写照。
东林书院，从北宋到现在，差不多近一千年的历史，一片建筑物的历史，经历过的岁月，兴建，被毁败，又回复重建，东林书院的形改变了，但书院的神，文化在传承。代表着一代代学子读书求学之心，学成之后矢志报国，文人士大夫为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平。
