类比不是严密的逻辑推理，所以它存在天然的局限性。
刑侦人员可以通过将事实A与事物B做类比，从而找到寻找凶手杀人的线索。但是，光靠类比却不足以将人定罪，还需要通过搜集证据（人证和物证）严格地论证凶手杀人的动机，过程的细节。可见，类比只能作为旁证，不能作为主证。类似的，在科研中，类比可以用于提出假说，但若想验证假说，还需要通过归纳和演绎推理。如下图所示：
“天行健，君子以自强不息；地势坤，君子以厚德载物”，为什么上天充满活力的运转，君子就要自强不息呢？为什么大地厚实包容，君子就得厚德以容物呢？这其中是没有任何逻辑上的关联性的。但因为这句话本身充满了积极向上的力量，人们也就心安理得的接受了。但是，从反面来看，这为诡辩术创造了生存的空间。比如著名的庄周梦蝶的故事：
庄子与惠子游于濠梁之上。庄子日：“倏鱼出游从容，是鱼之乐也。”惠子日：“子非鱼，安知鱼之乐乎?”庄子日：“子非吾，安知吾不知鱼之乐乎?”惠子曰：“吾非子，固不知子矣；子固非鱼也，子之不知鱼之乐，全矣!”庄子日：“请循其本。子日‘汝安知鱼乐’云者，既已知吾知之而问吾。吾知之濠上也。”
庄子是在诡辩。表面上看，话说得很漂亮，实际上庄子是以子之矛攻子之盾，在逻辑上是不成立的。他是基于“客体不可能知道主体的感受”这个大前提来反驳惠子，但是反过来却不承认这个大前提，这便是诡辩。而他用的正是类比的手法！所以当我们听到一个类比的时候，需要用心考量它是否与逻辑推演直接相悖，只有那些不存在明显的逻辑冲突的类比才值得称许。
再者，人们对于一个全新的事物是无法做出有效类比的。比如一个与地球生物完全不一样的外形人，或者那些最新的颠覆性的科学理论。这就有点类似于给一个学前儿童讲述微积分，人们的反应会是不知所云。这种时候，一般的做法是先把未知事物分解成一个个的小部分，再寻找每一个小部分与原有知识/认知的共通点，通过类比，逐一理解消化，然后拼凑出对于整体的认知轮廓。想象当年人们对于进化论和相对论的理解进程便可以清晰了解这一过程了。
