二代测序:
1:该read是成对的paired reads中的一个
2:paired reads中每个都正确比对到参考序列上
4:该read没比对到参考序列上
8:与该read成对的matepair read没有比对到参考序列上
16:该read其反向互补序列能够比对到参考序列
32:与该read成对的matepair read其反向互补序列能够比对到参考序列
64:在paired reads中,该read是与参考序列比对的第一条
128:在paired reads中,该read是与参考序列比对的第二条
256:该read是次优的比对结果
512:该read没有通过质量控制
1024:由于PCR或测序错误产生的重复reads
2048:补充匹配的read
只有一条reads没有比对上:73, 133, 89, 121, 165, 181, 101, 117, 153, 185, 69, 137
两条reads都没有比对上:77、141
比对上了,方向也对,并且在插入片段大小范围内:99, 147, 83, 163
比对上了,也在插入片段大小范围内, 但是方向不对:67, 131, 115, 179
唯一配对,就是插入片段大小范围不对:81, 161, 97, 145, 65, 129, 113, 177
samtools view 32.bam | awk -F "\t" '{if ( ($1!~/^@/) && (($2==69) || ($2==133) || ($2==165) || ($2==181) || ($2==101) || ($2==117)) ) {print ">"$1"\n"$10}}' > te.fa
69、133、165、181、101、117、137、73、89、153、121、188
是正方向的ins
99、163
是正方向的片段
147、83
是反方向的片段
三代结果: