临大初期，清华计划利用原来在长沙岳麓山南为特种研究所修的建筑，做暂时驻扎的打算。但1937年底，南京沦陷，武汉危急，战火逼近长沙，长沙临时大学被迫再度迁校至昆明；正如西南联大校歌中吟唱的“万里长征，辞却了五朝宫阙。暂驻足衡山湘水，又成离别。”
1938年2月，长沙临时大学第一学期结束后，师生启程奔赴云南昆明。由于战时内地交通困难，女同学和体弱男同学由粤汉铁路到广州经香港、越南入滇，一部分同学沿湘桂公路到桂林经柳州、南宁、越南入滇；还有男同学二百余人组织了湘黔滇旅行团，栉风沫雨，行程全程3200多里，其中徒步2600多里，历时68天，横穿湘黔滇三省，完成了世界教育史上罕见的一次“长征”。时年40多岁的教授闻一多不顾体弱，毅然参加步行团；由临大抵昆明入学的学生有993人，其中清华学生481人，清华教职员共达200多人。
1938年4月2日，教育部以命令转知：奉行政院命令，并经国防最高会议通过，国立长沙临时大学更名为“国立西南联合大学” （The National South-West Associated University）。6月8日，“国立西南联合大学关防”到校，7月1日正式启用。校名中去掉“临时”二字，表明国民政府对日本侵华战争的严重性和长期性有了新的认识。
1946年，清华大学迁回清华园原址复校，设农学院。
建国初期清华大学
1949年后，校长梅贻琦等人随国民政府迁往台湾，后以新竹清华大学之名于台“复校”。清华归属中央人民政府教育部，更名“清华大学”。
