大礼仪之争发生后，席书和霍韬都上了奏疏，主张嘉靖帝应尊亲生父亲而不是明孝宗为父，事前他们都将折子内容寄给王阳明过目，王阳明表示赞同。但王阳明又说，当政的杨廷和等未必愿意妥协，言之徒益纷争，不若徐图之。
新君即位，湛若水、方献夫、王思、黄绾、应良等被起复，大批士人蜂拥入京师，其中也包括王阳明和湛若水的众弟子，如杨鸾、欧阳德等，王阳明却洞察时局，带信给刚刚被授予行人之职的薛侃，告诫他说：“但时方多讳，伊川所谓小利贞者，其斯之谓欤？道不同不相爲谋，而仁者爱物之诚，又自有不容已者，要在默而成之，不言而信耳。困心衡虑，以坚淬其志节；动心忍性，以增益其不能。自古圣贤，未有不如此而能有立于天下者也。”
顾应祥寄来江西乡试策问的题目，是批驳良知之说的，王阳明回信给顾应祥说，自己深用警惕，但即使举世非之也不会退缩。《易经》云：“知至至之。”知至，讲的是知；至之，讲的是致知。知行合一，是先圣治学的宗旨，但后世儒者只说一个知字，却不说致知，从而导致知行割裂为二。
巡按江西御史程启充从被黜的湖口知县章元梅那里得到几封朱宸濠与萧敬、陆完的往来书信，信中讨论阴谋除掉江西巡抚孙燧，认为汤沐、梁辰、王阳明都可以代替孙燧。
九月初二，程启充弹劾王阳明为朱宸濠逆党，要求追夺王阳明封号，并追究其罪行。科道官员纷纷附和，他们指摘王阳明的问题主要是六个方面：一是王阳明是朱宸濠认可的人；二是王阳明曾经派冀元亨去见朱宸濠；三是王阳明当时也准备去给朱宸濠贺寿；四是王阳明起兵，是被都御史王懋中、知府伍文定逼迫的；五是王阳明攻入南昌纵兵焚掠，杀人太多；六是朱宸濠很无能，一个知县就可以活捉，王阳明的功劳被夸大了。
刑部主事陆澄愤而上疏为王阳明一一分辨，并斥责劾奏者为嫉贤妒功之徒。
户科给事中汪应轸（字子宿，号青湖，山阴人）素奉朱子之学，但他第一个出来为王阳明辩护，认为程启充不谙事体，沮抑忠义，非所以劝有功，存大体。
御史向信随即奏劾汪应轸是王阳明的同乡，陆澄是王阳明的弟子，应以王阳明的同党论罪。
明世宗将奏议交有司处理，并戒谕陆澄“勿妄言”。于是科道纷纷奏请罢黜王阳明和汤沐，将萧敬、陆完下狱治罪。明世宗答复说，王阳明一闻宸濠之变，仗义兴兵，戡定大难，所以特加封爵，此事不必再议，汤沐则必须把情况解释清楚。
科道官员群起而攻，乃出于杨廷和、费宏授意无疑。
得知陆澄为自己辩护，王阳明写信给他说，“无辩止谤”，乃圣人之教。但是，王阳明却不说宸濠之事，通篇大谈论学之异同，他人的批评未必不对，此时正是用功的好时机，对自己和门人自我批评的多，勉励陆澄反诸己身，不但要知至，更要至之，做到知行合一。
