安装和使用 mpi4py

上一篇中我们简要介绍了 mpi4py 及其所提供的并行编程功能,本文介绍如何安装和使用 mpi4py。

安装依赖

要正确地安装和使用 mpi4py,你需要先安装和设置好以下软件:

  • 一个 MPI 实现软件,最好能支持 MPI-3 标准,并且最好是动态编译的。比较常用的 MPI 实现软件有 OpenMPI,MPICH 等。
  • Python 2.7,Python 3.3+。要写 Python 的并行程序,Python 自然是必不可少的。

安装 mpi4py

当你已经安装好以上依赖的软件后,就可以安装 mpi4py 了,不过在这之前你需要 mpicc 在你的程序搜索路径上,可以简单地通过以下命令查看:

$ which mpicc

如果该命令输出对应的 mpicc 执行路径,你就可以进行下面的安装步骤了,但是如果没有输出,你需要把安装的 MPI 软件的 bin 目录添加到 PATH 环境变量,lib 目录添加到 LD_LIBRARY_PATH 环境变量,以使 mpicc 可以被搜索到。

使用 pip 安装

使用 pip 安装 mpi4py 非常简单,如果你有 root 权限,直接在终端中输入下面的命令就行了:

$ pip install mpi4py

如果没有 root 权限,你可以安装 mpi4py 到自己的 $HOME 目录下,这样只能供你自己使用:

$ pip install mpi4py --user

保证安装的可执行文件路径 ~/.local/bin 添加到了 PATH 环境变量中,库文件路径 ~/.local/lib 添加到了 LD_LIBRARY_PATH 环境变量中。

从源文件安装

https://pypi.python.org/pypi/mpi4py 上下载 mpi4py 安装包,然后解压安装包:

$ tar -xvzf mpi4py-X.Y.Z.tar.gz
$ cd mpi4py-X.Y.Z

编译安装包:

$ python setup.py build

编译完成后就可以安装了:

$ python setup.py install

或者

$ python setup.py install --user

测试 mpi4py 是否安装正确

现在可以写一段简单的程序来测试 mpi4py 是否安装好及能否正常使用:

# mpi_helloworld.py

from mpi4py import MPI


comm = MPI.COMM_WORLD
size = comm.Get_size()
rank = comm.Get_rank()
node_name = MPI.Get_processor_name() # get the name of the node

print 'Hello world from process %d at %s.' % (rank, node_name)

运行 mpi4py 程序

用下面的命令运行一个 Python 写的 MPI 程序:

$ mpiexec -n 3 python mpi_helloworld.py
Hello world from process 2 at node1.
Hello world from process 0 at node1.
Hello world from process 1 at node1.

也可以用一种较老的方式:

$ mpirun -np 3 python mpi_helloworld.py
Hello world from process 2 at node1.
Hello world from process 0 at node1.
Hello world from process 1 at node1.

其中 -n 或者 -np 指定使用多少个 MPI 进程来执行这个程序。

上面的命令会在单个节点(单台机器)上发起3个 MPI 进程来并行执行 mpi_helloworld.py,如果要在多个节点(多台机器)上并行执行程序,可以用下面的命令:

$ mpiexec -n 3 -host node1,node2,node3 python mpi_helloworld.py
Hello world from process 1 at node2.
Hello world from process 2 at node3.
Hello world from process 0 at node1.

其中 -host (或者 -H)后面指定所要使用的节点,这些节点以逗号分隔。如果节点很多也可以用选项 -hostfile 或者 -machinefile 指定一个文件,在这个文件中写入你需要使用的计算节点。更多的运行选项可以通过下面的命令获得:

$ mpiexec --help

下一篇中我们将通过几个简单的例子来展示怎么使用 mpi4py 来进行并行编程,以使读者能够快速地上手使用 mpi4py。

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 213,616评论 6 492
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 91,020评论 3 387
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 159,078评论 0 349
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 57,040评论 1 285
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 66,154评论 6 385
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 50,265评论 1 292
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 39,298评论 3 412
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 38,072评论 0 268
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 44,491评论 1 306
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 36,795评论 2 328
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 38,970评论 1 341
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 34,654评论 4 337
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 40,272评论 3 318
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 30,985评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,223评论 1 267
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 46,815评论 2 365
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 43,852评论 2 351

推荐阅读更多精彩内容