Velocyto: 提取剪接矩阵

官网：http://velocyto.org/velocyto.py/tutorial/cli.html

教程：

https://www.jianshu.com/p/e65964f39eb3

https://blog.csdn.net/qq_42090739/article/details/130583521

https://www.jianshu.com/p/00ab2bfbd3aa

对于 10X 的数据，可以直接从 比对后的 .bam 文件开始，需要的文件及过程如下

此步骤在 Shell 中以命令行的方式进行，后台调用 Python，要求 Python>=3.6

1. 需要的文件

• 1. possorted_genome_bam.bam: Cellranger 结果中的 outs 文件夹中的文件，排序好的 bam 文件
• 2. genome.gtf: 在运行 Cellranger 时使用的 .gtf 文件；genes/genes.gtf

• 3. expressed repeats annotation: 此步骤是选做的，为了去除重复序列 (repetitive elements) 的影响；此文件可以通过如下方式得到：
     
     image.png

• 3.1 从 UCSC genome brower 直接下载；https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?hgsid=611454127_NtvlaW6xBSIRYJEBI0iRDEWisITa&clade=mammal&org=Mouse&db=mm10&hgta_group=allTracks&hgta_track=rmsk&hgta_table=0&hgta_regionType=genome&position=chr12%3A5669497656714605&hgta_outputType=primaryTable&hgta_outputType=gff&hgta_outFileName=mm10_rmsk.gtf
  

  image.png

• 3.2 如果 UCSC genome brower 没有你的 reference 版本，则需要自己手动注释：
  https://yanzhongsino.github.io/2021/08/02/omics_genome.annotation_repeat/
  Repbase: https://www.girinst.org/server/RepBase/index.php

2. 运行 10X 数据

velocyto run10x -m repeat_msk.gtf mypath/sample01 somepath/refdata-cellranger-mm10-1.2.0/genes/genes.gtf

-m: 此项为 expressed repeats annotation; 此项为选做