当一个人的命运掌握在别人的手里时是非常痛苦的。
此一路，忧心忡忡，恐怕也是苏轼一生中唯一没有心情“游山玩水”的一次了。途径扬州时，苏轼曾想投河自尽，以了此生。但终究没有这么做，他想到自己如此死去，必会落得个“畏罪自杀”的罪名，也给他的家人朋友更是带来巨大的灾难。
一个月的时间，一行人到了京城，苏轼开始在狱中接受审问。政敌门知道这是唯一一次机会，誓必要说服皇帝杀掉苏轼，以绝后患。连番的刑讯逼供使得苏轼的身心受到严重伤害，承认了自己有些作品是对当时的新政做了讽刺，比如：
“赢得儿童语音好，一年强半在城中”，是指责“青苗法”的有名无实；“东海若知明主意，应教斥卤变桑田”，是反对“农田水利法”，讥刺兴修水利；“岂是闻韶解忘味，尔来三月食无盐”，是讥刺“盐法”行之太急。
然而神宗皇帝并不是昏君，他还是非常欣赏苏轼的才华，宋神宗经常看苏轼的文章忘记吃饭，且口中不断说道：“奇才，奇才。”他觉得虽然苏轼发发牢骚，写几句不合时宜的话，但还论不上欺君之罪，因此一直没有判决。这让一心要置苏轼于死地的人们非常不安，找不到其他的证据竟从文章中断章取义，胡乱解释，有一次负宰相王珪就说道，苏轼有一首诗两句为：
“根到九泉无曲处，世间惟有蜇龙知。”
说这句诗是在隐刺皇帝，
“皇帝如飞龙在天，苏轼却要向九泉之下寻蜇龙，不臣莫过于此!”
在旁边的另一位大臣章惇（此时还是苏轼的好友）也听不下去了，说龙未必专指天子，人臣也可以称，神宗也说道：是啊，孔明不也被称作“卧龙”，这才没有让王珪得逞。
此时身在狱中的苏轼惶惶不可终日，并且自己准备了毒药，与长子苏迈约定好，每天送饭时可送蔬菜和肉，如有坏消息则送鱼。有一次，苏迈离开京城出去借钱，不在的几天就嘱咐一个亲戚给送饭，结果忘记告诉送饭的暗语，结果他亲戚给苏轼送了一条鱼，苏轼看到后大惊，料想自己已是凶多吉少了。悲伤之余，他找狱吏借来纸笔，给他的弟弟苏辙写了两首绝命诗：
“圣主如天万物春，小臣愚暗自亡身。百年未满先偿债，十口无归更累人。是处青山可埋骨，他年夜雨独伤神。与君世世为兄弟，更结来生未了因。”
“柏台霜气夜凄凄，风动琅珰月向低。梦绕云山心似鹿，魂飞汤火命如鸡。额中犀角真君子，身后牛衣愧老妻。百岁神游定何处？桐乡应在浙江西。”
《狱中寄子由》
全诗用词凄惨，体现了此时的苏轼内心的悲伤和对亲人的不舍，这首诗最终传到神宗皇帝那，看过后也是十分感动。
