作者，Evil Genius
大家珍惜学生时代，或者在课题组的时光，背靠课题组，无论是学习技能还是发表文章，都有课题组“托举”，如果还能给点经费学习技能就更好了；而且课题组都有自测数据，时间也充足，完全可以转化出一篇好的文章。
我硕士是食品科学与工程专业，工作了以后才学习的生信，目前工作了7年半（18年毕业参加工作），认识的所有生信分析工作人员中，工作了以后还能发表文章的（这里指共一、当然共一第一是不可能的），就是我在诺禾的领导，他与一位英国的医生长期合作，发表了好几篇高分文章，基本都是NC；我也学习他的做法，也和人合作，有几篇文章都是挂名的，共一的一篇也没有，绝大部分工作人员挂名也没有。
文章有什么用，大家更有发言权，反正从找工作的角度看，简历写上几篇合作文章，会加分很多，进医院、科研单位什么的，文章的作用就更加明显了。
HD平台数据进入国内不到2年，按照发文章周期，2026年将会是文章有一些突破的一年。
今天我们来分享一下关于HD数据细胞通讯的做法。
做细胞通讯之前，先要做好细胞注释，当然目前HD有bin模式和细胞分割模式，但是细胞分割模式基因数有点太低了，所以现在推荐还是16um精度分析为主，采用双pattern模式。
做好注释，然后就是做通讯分析了，有好几种做法,当然一切的数据分析都建立在数据质量够用。
第一种，人工划分区域进行细胞通讯，但是要注意，人工划区也不是随便可以划的。
第二种，niche内部通讯
大家都知道空间转录组分析niche是逃不开的，HD数据也一样。
niche就是微环境，niche内部的细胞代表空间上的相互临近，但是有时候niche的范围可能有点大，精度不够。
第三种，那就是直接细胞邻域通讯，注意要指定这个邻域的范围，大家可以参考文章文献汇总--高精度空间细胞邻域通讯分析。
第四种，也可以采用信号流的方式
