R代码画直的染色体分布图

差异表达基因（RNA-seq）、开放染色质（DNase/ATAC-seq）、CTCF结合位点（ChIP-seq）、突变位点（WGS）或DNA甲基化（WGBS）在染色体上的分布，或者只是画染色体

Hao Z, Lv D, Ge Y, Shi J, Weijers D, Yu G, Chen J. 2020. RIdeogram: drawing SVG graphics to visualize and map genome-wide data on the idiograms. PeerJ Comput. Sci. 6:e251 http://doi.org/10.7717/peerj-cs.251

文献里的图片

代码部分

library(RIdeogram)


Sys.setenv(LANGUAGE = "en") #显示英文报错信息
options(stringsAsFactors = FALSE) #禁止chr转成factor


# ##karyotype.csv，用于画染色体轮廓。包含五列：第一列为染色体名，第二、三列为染色体的起始和终止点。如果能提供着丝粒的开始和结束位置，就给出第四列（起始）和第五列（终止），如果着丝粒位置未知，就只给前三列。0-based基因组坐标(以0-based开始、1-based结束)。
# easy_input_heatmap.csv，用来绘制染色体heatmap。包含四列，第一列染色体名，第二、三列为染色体上的位置，第四列为相应位置上的值。例如差异基因的log2foldchange、甲基化水平等。
# easy_input_mark.csv，如果想画染色体旁边的形状标记，就要提供这个文件。包含六列，第一列type，第二列形状（只支持三种形状：box正方形、triangle三角形和circle圆。如果需要标记的特征超过3种，就用第六列里的颜色区分吧，例如红色的三角形，蓝色的三角形等），第三列染色体，第四、五列染色体上的位置，第六列颜色。注意：同一type对应的颜色一致。

args<-commandArgs(TRUE)

# 染色体长度、中心粒位置
karyotype <- read.csv("karyotype.csv")
karyotype

# 染色体上的heatmap
gene_density <- read.csv("easy_input_heatmap.csv")
head(gene_density)


# 染色体旁边的形状标记
Random_RNAs_500 <- read.csv("easy_input_mark.csv")
head(Random_RNAs_500)

ideogram(karyotype = karyotype, 
         
         #如果没提供easy_input_heatmap.csv，就在下面两行前面加#
         overlaid = gene_density, 
         #染色体上heatmap的配色
         colorset1 = c("forestgreen", "gold", "deeppink3"), 
         
         #如果没提供easy_input_mark.csv，就在下面这行前面加#
            label = Random_RNAs_500, 
             label_type = "marker",
         
         #染色体宽度，默认170
         width = 200, 
         
         #图例的位置
         Lx = 160, #图例左上角跟左边的距离
         Ly = 20) #图例左上角跟顶端的距离
#输出文件
output = "chromosome.svg") #只支持svg格式

#svg2pdf或svg2tiff、svg2jpg、svg2png
svg2pdf("chromosome.svg", 
        width = 12, height = 8, #画布大小
        dpi = 300)

NIP 染色体，karyotype.csv文件