1. Quast安装

ll ../shares/ #查看共享文件夹，看是否有Quast

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tar zvxf /disk1/shares/quast-5.0.0.tar.gz -C ~/Biosofts/ #解压

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cd Biosofts/quast-5.0.0/ #进入软件目录

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./quast.py #测试是否可以运行

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echo 'export PATH=~/Biosofts/quast-5.0.0:$PATH' >> ~/.bashrc #添加环境变量

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source ~/.bashrc #使环境变量生效

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2. 分别对Spades和velvet结果进行评价

python --version #查看python环境变量，## 如果你的python环境是3.8，则需要切换到python2环境

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conda create --name python27 python=2.7 -y #将环境变量切换为python2环境

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conda activate python27 #激活python2

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python --version  #再次查看python环境

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（1）velvet的拼接

quast.py velvet_out/contigs.fa -o quast_out1 #对velvet的拼接结果进行评价

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出错

cd ~ #回到根目录

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cd velvet_out #进入velvet_out目录

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ll #查看目录内容

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可以找到文件contigs.fa

less contigs.fa #查看文件内容

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按q退出文件

quast.py velvet_out/contigs.fa -quast_out1

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cd ~ #回到根目录

quast.py velvet_out/contigs.fa -o quast_out1 #再次尝试

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失败

conda activate python27 #激活python27环境

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quast.py velvet_out/contigs.fa -o quast_out1 #再次尝试

失败
第二天重开系统再来一次

python --version #查看python环境
## 如果你的python环境是3.8，则需要切换到python2环境
conda create --name python27 python=2.7 -y #将python环境切换为python2
conda activate python27 #激活python27
quast.py velvet_out/contigs.fa -o quast_out1 #对velvet的拼接结果进行评价

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成功

1）.在服务器上查看拼接结果

ll quast_out1/ #查看quast_out1文件夹

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less quast_out1/report.txt #查看quast_out1

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按q退出

2）.在桌面上用浏览器查看结果

在左边目录栏中找到结果文件夹，拖拽到桌面上下载

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点击带有浏览器前标的report

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（2）SPAdes的拼接

cd ~ #回到根目录

cd SPAdesout #进入文件夹

ll #查看文件夹内容

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查看是否存在待拼接文件，存在contigs.fasta

quast.py Spades_out/contigs.fasta -o quast_out2 #对SPAdes的拼接结果进行评价

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失败，文件夹名字输错
再次尝试

quast.py SPAdesout/contigs.fasta -o quast_out2 #对SPAdes的拼接结果进行评价

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重复之前的操作，改变python环境

python --version
## 如果你的python环境是3.8，则需要切换到python2环境
conda create --name python27 python=2.7 -y
conda activate python27

quast.py SPAdesout/contigs.fasta -o quast_out2 #对SPAdes的拼接结果进行评价

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出错，未激活python2环境

conda activate python27 #激活Python2环境

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再次尝试

quast.py SPAdesout/contigs.fasta -o quast_out2 #对SPAdes的拼接结果进行评价

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成功

1）.在服务器上查看结果

ll quast_out2 #查看quast_out2文件夹

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less quast_out2/report.txt #查看结果

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按q退出

2）.在浏览器里查看结果，同velvet

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3. 比较spades和velvet拼接效果

quast.py -o compare_spa_velvet velvet_out/contigs.fa SPAdesout/contigs.fasta #用Quast比较SPAdes和velvet的拼接结果

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成功

1.）在服务器中查看结果

ll compare_spa_velvet/ #查看compare_spa_velvet文件夹

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less compare_spa_velvet/report.txt #查看结果

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按q退出

2.）同velvet,拖拽到桌面上，用浏览器查看

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成功

4. 比较error correction的重要性

(1)spades

spades.py --only-assembler --careful --pe1-1 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz --pe1-2 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz -o ./SPAdesout_7942_new_without_correction  #重新运行spades,without error correction

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quast.py -o compare_correction ./SPAdesout/contigs.fasta ./SPAdesout_7942_new_without_correction/contigs.fasta #比较with和without error correction的SPAdes运行结果

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失败

cd SPAdesout/ #进入文件夹

ll #查看文件夹内容

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 ll SPAdesout_7942_new_without_correction #查看文件

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cd SPAdesout_7942_new_without_correction/spades.log #进入文件夹

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cd ~ #进入根目录

cd SPAdesout_7942_new_without_correction #进入目录

ll spades.log #查看文件内容

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按q退出
错误原因，文件名输入错误

quast.py -o compare_correction ./SPAdesout/contigs.fasta ./SPAdesout_7942_new_without_correction/contigs.fasta #比较with和without error correction的SPAdes运行结果

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1.）服务器查看结果

ll compare_correction/ #查看文件夹

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less report.txt #查看文件内容

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原因：未进入文件夹；解决方法：添加文件路径或进入文件夹

less compare_correction/report.txt #查看文件内容

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按q退出

2.）桌面浏览器查看结果

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用浏览器打开有浏览器前标的report

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(2.)velvet

velveth velvet_out_correction 31 -shortPaired -fastq -separate ./SPAdesout/corrected/test_7942raw_1.fq.00.0_0.cor.fastq.gz ./SPAdesout/corrected/test_7942raw_2.fq.00.0_0.cor.fastq.gz

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velvetg velvet_out_correction -exp_cov auto -cov_cutoff auto -very_clean yes
  #重运行velvet:用SPAdes error correction之后的数据

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quast.py -o compare_velvet_correction ./velvet_out/contigs.fa ./velvet_out_correction/contigs.fa  #比较with和without error correction后的velvet运行结果

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1.）在服务器中查看结果

ll compare_velvet_correction/  #查看文件夹

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less compare_velvet_correction/report.txt #查看文件内容

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按q退出

2.）同上，在左边目录栏中找到文件夹，拖拽下载到桌面上去，打开

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用浏览器打开有浏览器前标的report

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成功

5. 比较不同km值拼接效果

quast.py -o compare_velvet_kmer velvet23/contigs.fa velvet31/contigs.fa velvet39/contigs.fa velvet47/contigs.fa velvet55/contigs.fa velvet63/contigs.fa velvet71/contigs.fa velvet79/contigs.fa velvet87/contigs.fa velvet95/contigs.fa velvet103/contigs.fa velvet111/contigs.fa velvet119/contigs.fa velvet127/contigs.fa

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1）在服务器中查看

ll compare_velvet_kmer/ #查看文件夹内容

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less compare_velvet_kmer/report.txt #查看文件内容

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按q退出

2）同上，从左边目录栏中（在目录Biosofts/velvet_1.210中）拖拽下载到桌面上，打开

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点击带有浏览器前标的report

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成功