配置文件语法
配置文件是通过 Config::General 模块进行解析的。
看过上一篇的朋友应该记得，完成 circos 环境配置是需要安装这一 Perl 模块的。
所有相关功能都会在下面描述，但是对于有需求的朋友，可以浏览 Config::General 模块的的主页来了解这些文件的语法和解析细节。
Config::General 模块的主页：
https://metacpan.org/pod/release/TLINDEN/Config-General-2.50/General.pm
配置语法
1 简单语法
配置通过如下设置方式，变量 => 值
variable = value
虽然 Config::General 支持以空白符作为定界符，但是在 circos 中所有的定义都需要用 =
在一些情况下，参数支持列表（通常以逗号分隔）
param = value,value,...
在少数情况下，参数可以接受多个实例
radius = 0.9r
radius = 0.8r
如果你尝试为不支持的参数进行多重定义，则会引发错误
一些设置可以用 块 的方式包裹起来，形成一种层次结构
了解 xml 或者 html 文件的朋友应该很熟悉这种以 <label> </label> 来划定块区域的方式
<ideogram>
thickness = 30p
fill = yes
...
</ideogram>
一些块又可以包含其他块，例如数据配置<link>，包含在 <links> 块中
<links>
<link>
file = data/set1.txt
color = black
...
</link>
<link>
file = data/set2.txt
color = red
...
</link>
</links>
注意：块标签必须配对，要有结束标签
<ideogram>
...
<ideogram> # <-- 缺少闭合标签，会报错
2 块标签
块 flag 值：
-
R，代表必须 -
M，代表允许多个块，块内容会合并 -
+，代表允许多个块
2 指定配置参数的方式
可以在 4 个地方指定配置方式，重要性根据顺序增加：
- 在所有图形轨迹中配置全局数据点（ 在
<plots>或<links>块标签内设置） - 在给点图形轨迹中配置局部数据点（在
<plot>或<link>块标签内设置） - 为单个数据点配置（在数据文件中配置）
- 使用规则块（在
<rule>块标签内设置）
根据上面的顺序，在 rule 内设置的参数值会覆盖 数据文件 中的值；
数据文件中的值会覆盖任何 <plot> 或 <link> 块标签内设置的值；
又会覆盖上一层 <plots> 或 <links> 块标签内设置的值。
<plots>
# 全局参数
fill_color = white
<plot>
... # 省略其他参数, 如 file, type, position, etc
# 在这个局部图形轨迹中，覆盖参数 fill_color 的值
fill_color = grey
# 在数据文件 data.txt 中:
#
# ...
# hs1 10 20 0.50 fill_color=dblue
# ...
# 这个数据点会覆盖上面的颜色
<rules>
<rule>
condition = var(value) < 0.33
# 匹配条件筛选数据点，如，值小于 0.33 的
# fill_color 设置为 orange
fill_color = orange
</rule>
</rules>
</plot>
</plots>
如果你要画大量相似的图形，像直方图组，热图等，通过设置全局参数将非常方便
<plots>
# 图形类型参数 type，指定为 heatmap，热图
type = heatmap
min = 0
max = 1
# spectral-4-div 代表一个颜色列表，下面会介绍
color = spectral-4-div
<plot>
file = data.1.txt
r1 = 0.6r
r0 = 0.5r
...
</plot>
<plot>
file = data.2.txt
r1 = 0.7r
r0 = 0.6r
...
</plot>
<plot>
file = data.3.txt
r1 = 0.8r
r0 = 0.7r
...
</plot>
<plot>
file = data.4.txt
r1 = 0.9r
r0 = 0.8r
...
</plot>
…
</plots>
上面的例子中，每张图具有相同的最大值、最小值以及同样的配色
而每个 <plot> 块内部的参数，指定了只属于该模块的参数配置
3 外部导入
像一些参数配置是很少需要修改的，例如颜色和字体
为了保持主配置文件的模块化，可以使用 <<include ...>> 来导入这些静态的值
在 circos 中，应该始终从 etc/ 目录下导入两个文件
# 颜色、字体和填充模式
<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
# 系统和 debug 参数
<<include etc/housekeeping.conf>>
etc/colors_fonts_patterns.conf 文件又导入一些其他文件
# etc/colors_fonts_patterns.conf
<colors>
import(etc/colors.conf)
</colors>
<fonts>
import(etc/fonts.conf)
</fonts>
<patterns>
import(etc/patterns.conf)
</patterns>
circos 要求这些块必须存在和设置值
通常，会将 ideograms 块单独存为 ideogram.conf
将刻度线格式存为 ticks.conf
因为这两个配置通常比较长，但是又和数据没有关系，可以通过外部文件导入方式，导入主配置中
<<include ideogram.conf>>
<<include ticks.conf>>
因为，通常这两个文件会和 circos.conf 放在同一个文件夹下面，所以前面不需要加路径
如果你有一些参数很少改变，应该考虑把它存储在外部文件中
你可以在配置文件的任意位置用 <<include >> 导入，如块内部
<plot>
file = data.4.txt
r0 = 0.8r
r1 = 0.9r
<<include plotsettings.conf>>
</plot>
包含可以任意嵌套，疯狂套娃？哈哈
当你用 <<include CONFIG_FILE_PATH/CONFIG_FILE>> 导入时，circos 将会搜索下面的路径
-
CONFIG_FILE的相对路径 -
CONFIG_FILE_PATH/etc的相对路径 CIRCOS_PATH/etcCIRCOS_PATH/../etcCIRCOS_PATH/..CIRCOS_PATH
（未完待续……）
