“被迫放弃山科本愿寺”和“法主本愿四证如出逃”事件，使得在接下来50年里，石山本愿寺成为了本愿寺的总部。石山本愿寺的力量很快就受到了考验，因为细川晴元和日莲宗的联军很快于公元1533年对其发动了新一轮攻势。河流和海洋为巨大而坚固的寺庙建筑群构筑了天然的护城河，这给了本愿寺信徒们巨大的心理慰藉。在猛烈的攻击过后，事实证明，石山本愿寺要塞确实坚不可摧。这是本愿寺展示出的力量和安全性非常具有吸引力，鼓励了之后商业聚集地的形成，周边的商人群体也在未来数年见迎来了爆炸性增长。（就这样）石山本愿寺的财富与日俱增，在公元1536年，本愿寺的僧侣甚至单方面承担了后奈良天皇登基所需的全部费用。这笔钱被证明花的很值，因为在公元1538年，本愿寺法主与天皇朝廷以及地方武士领主达成了一项协议，将（石山本愿寺）周围的商人社区统一整合为寺内町，并享有债务豁免和和外部武装禁入的特权。

尽管越前御坊在之前便发展出了这种“寺内町”模式，但其在规模和理念都完全无法与大阪的相媲美。大阪的寺内町作为，石山本愿寺的重要组成部分是经过朝廷官方认证的，因此本愿寺向居民们征收土地税，并相应地向他们提供警卫、司法职能以及军事和精神信仰层面的需求。这些自给自足的社区是如此的成功，以至于到16世纪中期，十多个或小而相似的寺内町在摄津、河内、和泉崛起并最终构成了现代大阪都市圈。这些兼顾商业•军事智能的据点都被保护在高墙和沟渠之内，并且它们每一个都被一种不同于世俗力量（武士公卿）、享有一揽子自治特权的的权威（即所谓“大阪方面的”）所维系。自此，一向一揆仅仅作为一支由乡村农民组成军队的日子一去不返了。

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资料来源于——《Japanese Fortified Temples and Monasteries AD 710-1602》