Linux环境下的软件安装

1、什么是conda

conda就是Linux的应用商店，类似于Applestore
日常生信使用小而精的miniconda即可

2、下载miniconda到服务器上

百度搜索miniconda 清华，此为清华的conda镜像网站
会看到Linux下有x86_64（64_bit）、x86(32_bit)两种版本。
在服务器里输入uname -a，查看自己电脑的版本
选择最新版本（latest）
然后将链接复制下来
登录服务器，选择一个目录进入 cd project
使用wget 复制的链接，回车，然后便开始下载

3、安装miniconda

命令：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
开始安装，该按enter按enter，该按yes按yes

4、激活conda

命令：source ~/.bashrc 激活conda
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了

5、添加镜像

镜像网站是主网站的副本，因为conda属于外网，国内下载软件会非常慢，所以添加镜像网站可以加快下载速度
复制以下命令，粘贴运行
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

6、使用conda

conda list 查看服务器所有安装软件列表
conda install fastqc -y 安装软件（-y 是yes的意思）
但此命令默认安装所有新版本，如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
输入fastqc --help，如果出现一大篇文字，即是此软件的帮助文件，说明软件安装成功
conda remove fastqc -y 卸载该软件