Linux环境下的软件安装
1、什么是conda
conda就是Linux的应用商店,类似于Applestore
日常生信使用小而精的miniconda即可
2、下载miniconda到服务器上
百度搜索miniconda 清华,此为清华的conda镜像网站
会看到Linux下有x86_64(64_bit)、x86(32_bit)两种版本。
在服务器里输入uname -a,查看自己电脑的版本
选择最新版本(latest)
然后将链接复制下来
登录服务器,选择一个目录进入 cd project
使用wget 复制的链接,回车,然后便开始下载
3、安装miniconda
命令:bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
开始安装,该按enter按enter,该按yes按yes
4、激活conda
命令:source ~/.bashrc 激活conda
命令行输入conda,出现满屏的信息说明成功了
5、添加镜像
镜像网站是主网站的副本,因为conda属于外网,国内下载软件会非常慢,所以添加镜像网站可以加快下载速度
复制以下命令,粘贴运行
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
6、使用conda
conda list 查看服务器所有安装软件列表
conda install fastqc -y 安装软件(-y 是yes的意思)
但此命令默认安装所有新版本,如果要指定版本号,可以conda install fastqc=0.11.7 -y
输入fastqc --help,如果出现一大篇文字,即是此软件的帮助文件,说明软件安装成功
conda remove fastqc -y 卸载该软件