记录一下构建贝叶斯树的过程，主要记一下利用jModelTest软件计算最佳核苷酸替代模型，用于指导后续贝叶斯树的构建。
原理学习：
jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing | Nature Methods
jModelTest的使用 - 简书
1.安装：
下载链接：jModelTest 2.1.7 - Download, Review, Screenshots
在本地解压，点击jModelTest.jar运行
2.使用
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上传比对的文件，我这里是上传了经mafft比对好了的fasta文件，如果序列多，文件比较大，需要等一会，下方框框内显示“OK”，即文件加载成功信息，可做后续分析。
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3.计算似然值
点击analysis-Compute likelihood scores，会弹出参数设置界面
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进行参数设置
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这里设置参考了这一篇帖子：科学网—图解核苷酸替代模型的选择 - jModelTest 篇(By Raindy) - 高芳銮的博文
设置好后点击Compute就会开始计算，这一步需要花一些时间，可以去做其他事了。我的文件有14Mb，所以计算了一晚上。
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4.选择计算标准
AIC、BIC、DT等，常用AIC或BIC，我选择的是BIC。
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前面的分析跑完了的话，选择计算标准这里才会变成可选。
5.显示结果表
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切换到BIC可看到红色标记的为最佳模型
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6.导出html分析结果
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可以看到最佳模型的计算结果
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后续的参数设置分析和选择参考了这篇：构建系统发育树：贝叶斯法建树 - 简书
如有错误欢迎指正！
参考资料：
jModelTest的使用 - 简书
构建系统发育树：贝叶斯法建树 - 简书
科学网—图解核苷酸替代模型的选择 - jModelTest 篇(By Raindy) - 高芳銮的博文
ddarriba/jmodeltest2: Automatically exported from code.google.com/p/jmodeltest2
