生信学习第五天

数据结构

一. 基础知识

1. R的赋值符号是<-

2. 在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行

3. R的代码都是带括号的，括号必须是英文的

4. 显示工作路径 getwd()

5. 向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串

6. 表格在R语言中叫数据框

7. 用这个命令查看帮助：?read.table

二. 向量

1. 元素

指的是数字或者字符串（用chr表示）等

2. 标量

一个元素组成的变量

3. 向量

多个元素组成的变量

4. 给变量赋值

x<- c(1,2,3)   #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。

x<- 1:10   #从1-10之间所有的整数

x<- seq(1,10,by = 0.5)   #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）

x<- rep(1:3,times=2)   #1-3 重复2次

5. 从向量中提取元素

(1) 根据元素位置

x[4]  #第4个元素
x[-4]  #排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]  #第2到4个元素
x[-(2:4)]  #除了第2-4个元素
x[c(1,5)]   #第1个和第5个元素

(2) 根据值

x[x==10]  #等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]  #存在于向量c（1，2，5）中的元素

6. 数据框

(1) 读取本地数据

read.table(file="mmz.txt",sep="\t",header=T)
a<- read.table(file="mmz.txt",sep="\t",header=T)

(2) 设置行名和列名

 #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
X<-read.csv('doudou.txt')

colnames(X)   #查看列名
rownames(X)   #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...

#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
colnames(X)[1]<-"bioplanet"

#最后row.names的意思是修改第一列为行名
X<-read.csv(file = "mmz.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)

(3) 数据框的导出

#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）
write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)

(4) 变量的保存与重新加载

save.image(file="bioinfoplanet.RData")  #保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")  #保存其中一个变量
load("test.RData")  #再次使用RData时的加载命令

(5) 提取元素

- X[x,y]  #第x行第y列
- X[x,]  #第x行
- X[,y]  #第y列
- X[y]  #也是第y列
- X[a:b]  #第a列到第b列
- X[c(a,b)]  #第a列和第b列
- X$列名  #提取列