就像伊甸园里发生的是蛇诱使夏娃吃下苹果，它开蒙了人类的伦理智慧。而由飞鸟衔来的小红果（哲人石），代表科学思维的启蒙和成果。
向人喂食、灌输什么思维，就造就什么样的因果律。教会以信义的方式将世俗世界解释成因苹果而堕落的世界，它需要清洁、忏悔和救赎，而救赎的来源只能是上帝的神恩，上帝是一切事物的起始和终极原因。而这种忏悔-救赎的沟通方式和效果只能通过教会，它垄断了解释自然界和人类世界因果关系的权力和方法，也就垄断了人类的认知和可能性的通道。
但是16世纪科学思维的出现挣破了教会对因果解释的垄断。它用推理演绎和实验证明的方式开启了另一种观察、解释因果律的方法。16世纪数学家约翰·迪伊说明科学寻找因果的方法在于实验性，以此获得一种“经证实的认知”。
虽然科学一直存在被疑为异端的危险，但医学是例外。一是医学的初衷是救人，这是最不受攻讦的正义理想，二是医学研究没有出现过独尊一术的制霸，医学教育较少受到限制。英王亨利二世在1180年就立法规定：“任何人无论是何出身，都有权教授医学，任何人不得干预。”三是黑死病的爆发也刺激对医学的需求，因此文艺复兴时期的医学研究侧重对治疗传染病的药物研究。
所以西班牙国王菲利普二世才会出资修建专门进行化学研究和制药的修道院。而药物就是这个新系统的最小化可行性产品，它提供了“经证实的认知”，可以衡量这个系统的认知力和实际效果。化学正是借助在医药学方面的效用，把炼金术引向了制药的研究和实践。医学史上的“马丁·路德”帕拉切尔苏斯通过将愈创木蒸馏获得愈创木酚，首创医药化学，从而为炼金术走向科学实验搭建了桥梁。
炼金术一词“Al-chemy”的本意即是“前-化学”。它发展到博斯时代，早已不是只提炼贵金属的技术，而是早期化学家建立的分析和实现物质转化的方法，且这种方法的终极目的是对疾病和死亡的转化，它能与基督教理想志同道合：马丁·路德认为炼金术这种前化学是旧约时代恰当的哲学，“不仅因为它的多种用途，还因为它高贵和美好的目标，即在最后的审判日，让死者复活。”
将《地上乐园》放在专事医药化学研究的修道院里，反映出菲利普二世从这幅有狂欢和性享乐的图像里，看到一个重新解释因果律的科学体系。这种关联不仅为菲利普二世个人所承认，在他去世后，这幅画由哈布斯堡家族继续收藏，他们同时也在支持化学研究，比如16世纪晚期的鲁多夫二世将布拉格整座城市设计成化学实验室。《欧洲文艺复兴史：科学技术卷》发现，在哈布斯堡家族的赞助下，出现了“炼金术的黄金时代”，其繁荣持续到17世纪末。
这说明对《地上乐园》化学寓言的辨认和解读，是一个知识分子群体的取向。他们视科学思维为智者的财富，并能用“经证实的认知”来衡量思维的质量；他们不否定上帝创世的力量，但也相信科学这种新的改变世界的力量正在形成，而且是为凡人所掌握，并能为正在发生的现实问题提供最小化可行性方案，比如治疗黑死病的药品，而不是一间忏悔室。相比于化学实验的成果，这种自救、实用的逻辑和“经证实的认知”方法使这个群体支持起科学体系的建立，组建起未来需要的团队。
但博斯《地上乐园》并不局限在埃斯科里亚尔修道院这一个语境里，化学寓言也无法覆盖整个图像。就像从炼金术到化学是在建立一套观察、分析和应用物质世界的体系，博斯也是在建立他的一个图像系统，化学实验与医药治愈力只是这个系统中的一个公式，而玻璃管、红果或怪物只是公式中的一个个图像常数。接下来会分析博斯如何从【常数-公式-系统】这三个层级，来组建一套图像系统。
