空间细胞共定位与空间邻域通讯分数脚本更新(python版本)

作者,Evil Genius

大家好,欢迎来到太原废柴相亲记,周五相亲的91年大姐今天下午3点多突然给我发消息,说他弟弟结婚,问我能不能拿出10万帮他弟弟凑个房子的首付,10万可以当做将来娶她的彩礼,我说我连请你吃饭的200块钱都是借的没还呢,我们AA吧,你转我100,然后就挂了。

很多时候我们这个社会其实是一个矛盾体,以我居住的太原为例,简单分为老城区和新城区,我个人的感觉是新老城区的界限就是迎泽大街,往北是老城区,往南是新城区,我正好住在交接的地方,所以新老城区的两种生活方式都能感受到。老城区最大的特点就是房子旧、路边摊很多,而且有早市和晚市,早市和晚市就是很多小商小贩拉着蔬菜水果之类的沿着路边摆放叫卖,老人购买的居多,晚上有各种小吃会出来,而且很多低矮的房子,各种卖早点的,各种食品的;新城区当然高楼大厦多一点,一般不能沿街摆放任何商品售卖,都在光鲜亮丽的大超市,以及各种现代化的东西,比如呷哺呷哺、海底捞等等,还有各种园区,新城区年轻人居多。

老城区最大的感受就是拾荒老人,当然拾荒老人这个词不一定恰当,因为早市或者晚市结束后,小商小贩会把不好的蔬菜叶子、或者有点伤疤的水果丢在路边,这时候一般会出现很多老人捡这些东西,洗洗干净带回家,每当我看到这个的时候,就会想起我姥爷,我姥爷当初也是拾荒老人,当时上高中的我完全不理解,说我们穷也没有穷到这地步吧,捡别人不要的烂菜叶子、烂水果带回家吃,现在过了30岁了,再看到这个,感受已经完全不一样了。

好了,周日了,我们更新一下空间细胞共定位和空间邻域通讯分数的脚本,R版本已经分享过,在

10X空间转录组数据分析之细胞类型与生物学通路的空间依赖性
10X空间转录组数据分析之细胞的空间依赖性
空转数据分析之特异性生态位基因依赖的细胞通讯

R版本的主要分析软件是MISTy

我们来更新一下python版本,在3种尺度上(点内、邻域、更远的位置)拿到如下的4种结果:

1、细胞类型之间的共定位
2、细胞和通路的共定位
3、细胞类型与转录因子的共定位
4、配受体的共定位
以及邻域配受体的具体分数

我们开始分享代码

还有 70% 的精彩内容
最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
禁止转载,如需转载请通过简信或评论联系作者。
支付 ¥10.00 继续阅读
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 216,843评论 6 502
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 92,538评论 3 392
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 163,187评论 0 353
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 58,264评论 1 292
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 67,289评论 6 390
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 51,231评论 1 299
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 40,116评论 3 418
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 38,945评论 0 275
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 45,367评论 1 313
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 37,581评论 2 333
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 39,754评论 1 348
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 35,458评论 5 344
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 41,068评论 3 327
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 31,692评论 0 22
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,842评论 1 269
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 47,797评论 2 369
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 44,654评论 2 354

推荐阅读更多精彩内容