空间细胞共定位与空间邻域通讯分数脚本更新(python版本)

作者,Evil Genius

大家好,欢迎来到太原废柴相亲记,周五相亲的91年大姐今天下午3点多突然给我发消息,说他弟弟结婚,问我能不能拿出10万帮他弟弟凑个房子的首付,10万可以当做将来娶她的彩礼,我说我连请你吃饭的200块钱都是借的没还呢,我们AA吧,你转我100,然后就挂了。

很多时候我们这个社会其实是一个矛盾体,以我居住的太原为例,简单分为老城区和新城区,我个人的感觉是新老城区的界限就是迎泽大街,往北是老城区,往南是新城区,我正好住在交接的地方,所以新老城区的两种生活方式都能感受到。老城区最大的特点就是房子旧、路边摊很多,而且有早市和晚市,早市和晚市就是很多小商小贩拉着蔬菜水果之类的沿着路边摆放叫卖,老人购买的居多,晚上有各种小吃会出来,而且很多低矮的房子,各种卖早点的,各种食品的;新城区当然高楼大厦多一点,一般不能沿街摆放任何商品售卖,都在光鲜亮丽的大超市,以及各种现代化的东西,比如呷哺呷哺、海底捞等等,还有各种园区,新城区年轻人居多。

老城区最大的感受就是拾荒老人,当然拾荒老人这个词不一定恰当,因为早市或者晚市结束后,小商小贩会把不好的蔬菜叶子、或者有点伤疤的水果丢在路边,这时候一般会出现很多老人捡这些东西,洗洗干净带回家,每当我看到这个的时候,就会想起我姥爷,我姥爷当初也是拾荒老人,当时上高中的我完全不理解,说我们穷也没有穷到这地步吧,捡别人不要的烂菜叶子、烂水果带回家吃,现在过了30岁了,再看到这个,感受已经完全不一样了。

好了,周日了,我们更新一下空间细胞共定位和空间邻域通讯分数的脚本,R版本已经分享过,在

10X空间转录组数据分析之细胞类型与生物学通路的空间依赖性
10X空间转录组数据分析之细胞的空间依赖性
空转数据分析之特异性生态位基因依赖的细胞通讯

R版本的主要分析软件是MISTy

我们来更新一下python版本,在3种尺度上(点内、邻域、更远的位置)拿到如下的4种结果:

1、细胞类型之间的共定位
2、细胞和通路的共定位
3、细胞类型与转录因子的共定位
4、配受体的共定位
以及邻域配受体的具体分数

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