ResearchGate推送的这篇文章挺有意思，属于目前在整理的【不建模系列】。下面来做下笔记：
发表杂志：Cells
PMID: 33804148
知识点
xCell：作者整合了FANTOM、ENCODE、Blueprint、GEO数据库共1822个纯人类细胞型转录组，既包括RNA-seq也有Array-based数据，使用单样本GSEA（ssGSEA）分析方法对每个样本进行评分，获得每个样本最可靠的特征集（gene signature）。
xCell
摘要
ANXA1是一种钙依赖性磷脂结合蛋白（calcium-dependent phospholipid-binding protein），在胰腺中高表达。大量研究表明ANXA1在肿瘤的增殖、侵袭、迁移、凋亡和抗炎发挥着重要作用。因此，作者假设ANXA1与胰腺癌的增殖和生存有关。
为了证明这个假设，作者分析了239例TCGA和GSE57495胰腺癌病人的信息。结果表明，ANXA1与EMT而不是angiogenesis密切相关。高表达的ANXA1与多种胰腺癌通路密切相关，如缺氧、TNF-α、NF-κB、MTORC1、凋亡、蛋白分泌、糖酵解、雄激素反应等。高表达的ANXA1还与TP53突变、KRAS、p53、E2F和TGF-β通路等有关。高表达的ANXA1还与2型辅助T细胞、高级别肿瘤、MIK67以及不良预后相关。最后作者发现，ANXA1表达与胰腺癌细胞株的吉西他滨、多西他赛和5-氟尿嘧啶耐药有关。
整体路线
结果
1.ANXA1与EMT和angiogenesis
Fig.1
2.ANXA1与Hallmarks
Fig.2
3.ANXA1与表观遗传
Fig.3
4.ANXA1与免疫细胞浸润（xCell）
Fig.4
5.ANXA1与临床特征
Fig.5
Fig.6
6.ANXA1与药物敏感性
Fig.7
总结
本文是单基因ANXA1分析的教课书级论文，整合GSVA、GSEA、表观遗传、免疫细胞浸润、临床特征和药物敏感性进行分析，全面而新颖。
备注：
本文中的表观遗传学部分来自The Immune Landscape of Cancer的附件TableS2.
药物敏感数据来自Depmap portal.
