文章团队：
研究背景
肠道微生物与众多疾病相关。
Inflammatory bowel disease (IBD)：炎症性肠病
Crohn’s disease (CD)：克罗恩病，小肠、大肠、口腔、食管、胃部等
Ulcerative colitis （UC）：溃疡性结肠炎，结肠和直肠
肠病起因：
Diet + Microbiota + Intestinal barrier + Genetics
治疗方法：
研究起源：
How to identify factors influencing the gut microbiota
MaAsLin：Multivariate Association with Linear Models
How to identify factors influencing the gut microbiota
1 Correlation between parameters with PCs（gut microbiota）
2 PLS-DA -- VIP (mixOmics vip)
Methods
1：The clinical characteristics of patients with IBD and the selection of healthy controls
Wilcoxon–Mann-Whitney tests = Wilcox tests ≈ Independent T-test
Chi-squared test (χ2 tests)
计数资料的非参数检验
比较两个及两个以上样本率( 构成比）两个分类变量的关联性分析
2：Overall composition of the gut microbiota in patients with IBD and healthy controls
3： IBD genetic risk variants are associated to unfavorable gut microbiota changes in healthy controls
4：Dysbiosis in patients with CD and UC: new associations
5：Disease location is a major determinant of the gut microbiota in patients with IBD
整体到局部的分析
Shannon、PCoA→GraPhlAn→分支图→genetic variants
6：Effects of IBD disease activity/IBD disease duration on the gut microbiota
MaAsLin
7：Pathway prediction and gut microbiota function changes in patients with IBD
PICRUST→Gene composition（6910）
HUMAnN→microbial KEGG pathways（181）
How to get metabolic network in a community?
HUMAnN：The HMP Unified Metabolic Analysis Network
疾病指数对肠道菌群影响
CD : HBI指数，Enterobacteriaceae；
UC： SCCI指数，NO；
all patiets: CRP，NO;
发病时间：
longger duration => Proteobacteria;
IBD 亚型：
血清学抗体分类 => NO;
disease behavior => Faecalibacterium 下降；
哺乳方式 => 下降；
吸烟 => Bacteroidetes 增加;
饮食（素食）=> NO;
Medication => Erysipelotrichaceae 增加;
Enterococcus 增加；
Streptococcus增加；
结论：
1，发现了新的与IBD发生相关的菌群；
2，健康人宿主基因的变异与菌群构成存在关联性；
3，发现了患病部位对肠道菌群构成起决定作用；
亮点：
拟补前人研究不足：考察了其它发病部位；
样本量大；
对样本进行了详细的分类，
引用多种医学评价方法；
研究思路新颖： 考察宿主基因型与肠道菌群的相互作用；
筛选宿主相关的变异基因；
Interplay of host genetics and gut microbiota underlying the onset and clinical presentation of inflammatory bowel disease
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