MLST

软件下载地址：https://github.com/tseemann/mlst
MLST在线分析：https://cge.food.dtu.dk/services/MLST/
或者pubmlst也可以（官网：https://pubmlst.org/）

MLST（Multi-Locus Sequence Typing）是一种基于核酸序列的细菌分型技术，主要用于微生物种群中菌株的分型鉴定。MLST通过细菌内保守但具有足够多态性的基因座（loci）（通常是6到10个）的核苷酸序列来区分不同的菌株

【图片来源：https://zhuanlan.zhihu.com/p/691756107】

##install [or conda install]
git clone https://github.com/tseemann/mlst
cd mlst
make

#conda安装
conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults mlst

##usage
mlst [--scheme <scheme_name> --legacy] [--csv] contigs.fa [--threads 10] > mlst.tsv
      #--scheme：指定菌种数据库的MLST方案名称，mlst --list可查看所有菌种数据库，不填会自动选
      #--legacy：添加表头，其标题包含特定于该方案的等位基因名称
      #contigs.fa：输入文件( FASTA/GenBank/EMBL文件，可gz文件)，多个文件可以一起运行，如kp*.fna
      #--csv：输出csv格式，默认tsv
      #--threads：线程数

#for example
mlst 1.fna >mlst.tsv
mlst --scheme klebsiella --legacy --thread 10 1.fna > mlst.tsv

##results
#It returns a tab-separated line containing: 
#the filename, the matching PubMLST scheme name, the ST (sequence type), the allele IDs
1.fna        klebsiella 22      gapA(1) infB(1) mdh(1)  pgi(1)  phoE(1) rpoB(1) tonB(1)
 

在 MLST 分析中，通常会选择几个保守的基因（例如 7 个核心基因），对这些基因进行测序并比较其序列。根据每个基因的序列变异，给每个菌株分配一个唯一的 ST 号。这个 ST 号是由每个基因的序列类型组合而成的。

Reference:
https://www.jianshu.com/p/dab889d8d28e
https://zhuanlan.zhihu.com/p/691756107