2100年，在C国出现了一个叫做"黑刃"的组织，"黑刃"的首领是马克西姆，有一天，他注意到了一个叫做图灵的精通黑客技术的人，他将其为自己所用。此时，他还是C国维和部队的一员，在剿灭"夜枭"组织的战斗中立了大功，一路升迁成为了C国国防部长。他也按照约定，帮助图灵在一座用于度假的岛上建立秘密基地。
图灵也因自己研发的技术成为了"黑刃"情报部部长。随后，图灵打算潜入C国的科学研究院，马克西姆也帮他伪造了一个新身份——科学研究院后勤处员工艾利克斯·麦席森，让他窃取相关研究成果。为了取得信任，他自导自演了一起抢劫绑架案。他被C国特别小队1号队员所救，那位队员甚至为他挡了一枪，图灵不禁对那位队员留下了深刻印象，进入时空穿越实验室后，雅科夫·乔重用了他，图灵也因此获得了大量有用的情报。
马克西姆又一次来访，他告诉图灵，未来的"黑刃"将穿越而来，而领军之人便是未来的图灵，他希望以图灵为桥梁，将未来"黑刃"为己所用。图灵当机立断，解决掉了马克西姆，成为了"黑刃"的真正主宰，并破坏了C国的"星盾"计划。他这么做就是为了等待"黑刃"母舰的到来的那一天。
在这一天，两个时代的图灵终于见面了！
未来图灵的原本计划是通过未来科技，彻底碾压C国，提前实现统治目的。而现在的图灵选择了静观其变，他认为这个计划过于简单粗暴并且变数太多，这在未来"黑刃"败退，之后与未来自己见面得到了证实。两个图灵此后对未来的打算达成了共识，那就是:前往遥远的绿洲世界，夺取一种被C国完全控制的可以提供超级能源的战略物资——"绿源矿"
在成功夺取"绿源矿"后，图灵开始了下一步行动，他在科学研究院安插了眼线。并绑架了雅科夫·乔，并用雅科夫·乔的仿生人与真正的乔调换。让特别小队救下了仿生人乔，还安排自己的仿生人在战斗中坠海而亡。仿生人乔也成为了图灵的新眼线，他因此获得了源源不断的情报。同时，他，也在等待一个合适的契机。为了对那个契机的到来有所准备，他做出了一系列行动。
为了获取更多的C国高层的内部情报，图灵决定派出一名卧底潜入C国高层部门。他经过一番观察，选择了当前的战斗指挥部副部长奥·姆德斯前往。
姆德斯也凭借自己高超的隐藏能力成功成为了C国的副国防部长，像图灵传达了大量关于C国将要举行的军事行动、内部政治决定的情报。图灵还派出几名仿生人士兵代替了C国的情报部部长、主要军工厂的厂长和国务总理的秘书。这样，图灵就掌控了C国获得的百分之九十八左右的情报与近一半的军火和大量国家政治情报。
没过多久，那个契机就到来了，C国启动了"超体对抗"计划，而他选择化身为"次元极客"，操控仿生人加入这个计划，成为了一名技能导师。"超体对抗"计划副指挥官德尔斯·卡似乎已经察觉到了:这很有可能是指挥官吴海设的一个局，目的就是为了引出像图灵一样的潜伏者，然而，超体数据中心的"超空间跳跃星图"让他们不得不铤而走险。
尽管图灵已经十分小心，却还是被"幻影猎手"吉莉打破了面具，要不是一个叫做"时空魅影"的技能导师及时出现，他必死无疑。图灵得知那个救了他的人叫做薇帝，之后薇帝用人造虫洞将图灵带到了他的秘密基地。图灵的真实身份也因此浮出了水面——图灵的诞生，竟是她的计划！
原来她是图灵母亲AI图姬的主人，多年前，他为复活父亲来到度假岛建立秘密实验室回到过去，却不慎被困，至今才得以回归。于是她便用父亲的基因创造除了图灵。在她的帮助下，图灵成功得到了"超星空星图"。
这张星图，将使图灵带领着"黑刃"走向一个新的未来！
另一边，也有一个势力在逐渐崛起，这就是有雨果·弗兰肯斯坦建立的"刺青"组织，"刺青"着重研究生物科技，但是，他却打算创造一种"完美"人类，为了制造出这种"完美"人类于是开启了"Planet"星球计划。他委托奥利弗去建造前往塔特尔彗星上获取催化剂的"PlanetIII"飞船"，奥利弗迫于任务只有他可以胜任和雨果的强大实力，只好不情愿的照做。通过这个计划，雨果成功的取到了一个叫做"紫锈"的物质。从而名声大噪，他与奥利弗被世人并成为"联盟双子星"，之后成为了一个著名的基因生物学专家。这一些成就全都归功于为他提供成功资本的恩师泰伦。可泰伦在退休前将他自己最重要的研究——超体终端交给了奥利弗。
雨果非常愤怒，因为他本来就不服奥利弗与自己处于同等位置，而且他认为奥利弗根本就不懂这项技术的价值，于是暗中策划了一次爆炸想干掉奥利弗，可却因泰伦的进入导致自己的恩师被炸死。不过，泰伦因"紫锈"突变而成的领主也成为了雨果最成功的作品，但他也因此暴露，成为了通缉犯。这反而让他无需隐藏，更加肆无忌惮的做实验。一场巨大的阴谋也渐渐浮出了水面。雨果在某海岛造出了越来越多像这样的突变体。C国将爆发在那个海岛的危机称为"暗夜危机"。一年后，他与当时"黑刃"组织的实际控制者马克西姆达成了联盟。
又过了半年，塔特尔彗星即将坠落海岛，上面携带了大量"紫锈"，C国对陨石的坠落点附近进行了封锁。雨果在"黑刃"组织的帮助下进入海岛密室，收集了大量"紫锈"并对其进行改造，随后将改造后的"紫锈"离开并将其放在了火车站。这些"紫锈"与海岛的"紫锈"大不相同，他可以让突变者进行"链式传播"而不是只有亲自接触才会进行突变。雨果也将组织"刺青"更名为"突变"。随后他经查阅妻子莎拉留下的资料，得知C国已拥有了她所设计的二代外骨骼。
不久之后，他将自己与莎拉的研究成果融合，造出了领他引以为傲的作品"魅影"。之后，他带领这些突变体占领了矩阵工业的中央运输站，还把那个地方变成了他的实验场地，当其他人忙于应对危机时，他潜入矩阵工业研究中心，打算偷走外骨骼合金，可就是这个完美的计划又因奥利弗的出现而被破坏。但是，他带来了冰爆领主，他干掉了奥利弗，他也将用突变创造一个全新的未来！
最后，经过与图灵的协商，“突变”组织更名为“蝰蛇”组织，他与"黑刃"将会有什么新的阴谋呢？
