motif预测

Homer做motif预测，用法详解查homer网站

有两种情况

1、想看关注基因的启动子区TF预测

2、想看关注片段的TF预测

第一种 看基因

只需要知道基因ID就行了，homer做启动子预测的时候是支持一些geneid啊几种格式的。去NCBI

例如：19820

NCBI查找id

然后建立一个txt文件，里面基因名字写一列


然后跑下面的就行了

/home/anlei/WORKSPACE/wangwenjing/software/homer_4.1.1/bin/findMotifs.pl geneID.txt mouse out -start -1000 -end 1000

第二种 看关注片段

用call peak后面的summit.bed文件

软件是Homer,用法如下

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