生信入门第一课一般都是学习使用Linux,因为我们要用到的生物软件都是基于linux，系统开源免费，不需要图形界面，有效节约资源。命令行模式可以批量、高效地处理文件，满足数据分析的要求。当你需要分析几十、几百G的样本基因数据的时候，用windows，电脑立刻就挂了。下面就是几个常用的基础命令。
——引自生信小白第一天-0成本召唤linux

Linux基础命令

1、pwd

显示当前路径（目前处于哪一个目录下）

bio01@VM-0-6-ubuntu:~$ pwd
/home/bio01

2、mkdir

bio01@VM-0-6-ubuntu:~$ mkdir biosoft
bio01@VM-0-6-ubuntu:~$ ls -l
total 16
drwxrwxr-x 2 bio01 bio01 4096 Feb  3 09:12 biosoft
drwxrwxr-x 2 bio01 bio01 4096 Feb  3 09:12 project
drwxrwxr-x 2 bio01 bio01 4096 Feb  3 09:12 src
drwxrwxr-x 2 bio01 bio01 4096 Feb  3 09:12 tmp

3、 ls

显示列表，目录和文件，加上参数可以显示其他信息

bio01@VM-0-6-ubuntu:~$ ls
biosoft  project  src  tmp
bio01@VM-0-6-ubuntu:~$

4、rm

删除操作对象：普通文件rm、空目录rmdir、有内容的目录rm 、（谨慎使用rm -rf)

bio01@VM-0-6-ubuntu:~$ ls
biosoft  project  src  tmp
bio01@VM-0-6-ubuntu:~$ rm -r biosoft/
bio01@VM-0-6-ubuntu:~$ ls
project  src  tmp

5、cd

后面加路径，表示切换到该路径目录下

bio01@VM-0-6-ubuntu:~$ cd project/
bio01@VM-0-6-ubuntu:~/project $ pwd
/home/bio01/project

6、vi

新建脚本或者文本文档（linux中的文本编辑器，类似Windows中的Word）

bio01@VM-0-6-ubuntu:~/project$ vi new_note.txt
i #插入
ESC > :wd #保存退出
D   #删除到行尾
dd  #删除当前光标所在行
dw  #删除当前光标所在位置的单词
d$  # 删除当前光标所在位置至行尾的内容
J   # 删除当前光标所在行行尾的换行符（拼接行）
u   # 撤销前一编辑命令
a   # 在当前光标后追加数据 （进入插入模式）
A   # 在当前光标所在行行尾追加数据
~
-- INSERT --                       2,7        All

7、cat

后面接文本文件的名字，查看并直接将文本文件的内容输出到屏幕

bio01@VM-0-6-ubuntu:~/project$ cat new_note.txt
i #插入
ESC > :wd #保存退出
D   #删除到行尾
dd  #删除当前光标所在行
dw  #删除当前光标所在位置的单词
d$  # 删除当前光标所在位置至行尾的内容
J   # 删除当前光标所在行行尾的换行符（拼接行）
u   # 撤销前一编辑命令
a   # 在当前光标后追加数据 （进入插入模式）
A   # 在当前光标所在行行尾追加数据

8、cp

复制文件，接文件和复制路径

bio01@VM-0-6-ubuntu:~/project$ cp new_note.txt ~/tmp/
bio01@VM-0-6-ubuntu:~/project$ cd ~/tmp/
bio01@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ ls
new_note.txt
bio01@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$

9、mv

将文件移入文件夹，或者重命名

bio01@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ mv new_note.txt ~/src/
bio01@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ cd ~/src/
bio01@VM-0-6-ubuntu:~/src$ ls
new_note.txt

Linux基础 思维导图