1.spades安装
tar zvxf /disk1/shares/SPAdes-3.12.0-Linux.tar.gz -C ~/Biosofts/ #将压缩包解压到Biosofts目录中去
查看
cd Biosofts #进入此目录
已进入
cd SPAdes-3.12.0-Linux/ #进入此目录
cd bin #进入bin文件夹
进入
./spades.py -h #进入查看
开始
pwd #查看当前所在的绝对路径
查看
echo 'export PATH=~/Biosofts/SPAdes-3.12.0-Linux/bin:$PATH' >> ~/.bashrc #改变环境变量
可
source ~/.bashrc #使改变后的环境变量生效
可
cd ~ #进入用户在该系统的home目录
ll #是ls-l的别名，显示当前目录下文件详细信息
spades.py -h #查看
2.spades组装基因组
spades.py --careful --pe1-1 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz --pe1-2 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz -o ./SPAdesout
