2022-10-04---SPADS安装

1.spades安装

tar zvxf /disk1/shares/SPAdes-3.12.0-Linux.tar.gz -C ~/Biosofts/ #将压缩包解压到Biosofts目录中去

查看

cd Biosofts #进入此目录

已进入

cd SPAdes-3.12.0-Linux/ #进入此目录

cd bin #进入bin文件夹

进入

./spades.py -h #进入查看

开始

pwd  #查看当前所在的绝对路径

查看

echo 'export PATH=~/Biosofts/SPAdes-3.12.0-Linux/bin:$PATH' >> ~/.bashrc #改变环境变量

可

source ~/.bashrc #使改变后的环境变量生效

可

cd ~  #进入用户在该系统的home目录

ll #是ls-l的别名，显示当前目录下文件详细信息

spades.py -h #查看

2.spades组装基因组

spades.py --careful --pe1-1 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz --pe1-2 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz -o ./SPAdesout


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