时光荏苒，岁月如歌。时间仿若白驹过隙一般，不知不觉已来到了2023年的年初。回首2022，我们经历了不同寻常的一年。这一年虽有几多坎坷和泥泞，但心中留存更多的却是收获与不舍。说起收获，今年诺禾致源合作发表的文章不管是数量还是质量都屡创新高，在各大期刊崭露头角。诺禾致源助力合作伙伴发表SCI文章175篇，影响因子1830，其中IF>10文章64篇。上一期我们一起回顾了NGS项目文章的医学篇，这一期，我们从转录组、WGBS、扩增子等组学技术中各挑选出了一篇经典农学方向文章分享给大家，让我们一起来看看吧。
扩增子
Soil nitrogen substances and denitrifying communities regulate the anaerobic oxidation of methane in wetlands of Yellow River Delta, China [1]
发表期刊：Science of the Total Environment
影响因子：10.753
研究对象：土壤
实验方法：扩增子测序
研究内容：本研究以黄河三角洲湿地为研究对象，采用实验室孵育方法，结合16S rRNA高通量测序、定量聚合酶链式反应(qPCR)等分子生物学技术，深入研究环境和微生物因素对湿地AOM的影响。本研究结果将为研究滨海湿地CH4生物地球化学循环及其对全球环境变化的反馈机制提供一个微生物生态学的视角。
宏基因组
The gut microbiome and antibiotic resistome of chronic diarrhea rhesus macaques(Macaca mulatta) and its similarity to the human gut microbiome [2]
发表期刊：Microbiome
影响因子：16.837
研究对象：猕猴
实验方法：宏基因组测序
研究内容：将长期慢性腹泻猕猴与无症状猕猴的新鲜粪便作为研究材料，通过宏基因组测序分析了慢性腹泻猕猴的肠道微生物群和抗生素耐药性及其与人类肠道微生物的相似性，揭示了慢性腹泻相关机制，以提高慢性腹泻的诊断和治疗水平。
普通转录组
Mycorrhizal symbiosis reprograms ion fluxes and fatty acid metabolism in wild jujube during salt stress [3]
发表期刊：PLANT PHYSIOLOGY
影响因子：8.005
研究对象：盐胁迫
实验方法：转录组测序，代谢组学
研究内容：土壤盐度是影响枣生产的主要制约因素。目前尚不清楚丛枝菌根（AM）共生如何支持红枣适应盐胁迫。本文通过比较生理、离子通量、脂肪酸（FA）代谢组学和转录组学分析，研究了AM枣对盐胁迫的响应机制。
DNA甲基化
Histone H3K27 Methylation Perturbs Transcriptional Robustness and Underpins Dispensability of Highly Conserved Genes in Fungi [4]
发表期刊：MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION
影响因子：16.24
研究对象：镰刀菌
实验方法：WGBS
研究内容：本研究证明由H3K27me3标记的高度保守基因更有可能在宿主感染期间存活，并且在远亲镰刀菌真菌中暴露于抑制性H3K27me3标记的保守基因与微进化尺度上的转录扰动有关，展示了抑制性组蛋白标记H3K27me3如何支撑真菌中高度保守基因的轨迹和抑制性组蛋白标记如何在进化时间尺度上与高度保守基因的进化命运关联在一起。
2022年注定是不凡的一年，2023年我们砥砺前行，与您一起共话新篇章。
附：2022年诺禾致源转录调控&微生物&全基因组甲基化项目文章节选
参考文献
[1] Wang Z, Li K, Shen X, Yan F, Zhao X, Xin Y, Ji L, Xiang Q, Xu X, Li D, Ran J, Xu X, Chen Q. Soil nitrogen substances and denitrifying communities regulate the anaerobic oxidation of methane in wetlands of Yellow River Delta, China. Sci Total Environ. 2023 Jan 20;857(Pt 2):159439. doi: 10.1016/j.scitotenv.2022.159439. Epub 2022 Oct 15. PMID: 36252671.
[2] Yang Shengzhi., Liu Yu., Yang Nan., Lan Yue., Lan Weiqi., Feng Jinyi., Yue Bisong., He Miao., Zhang Liang., Zhang Anyun., Price Megan., Li Jing., Fan Zhenxin.(2022). The gut microbiome and antibiotic resistome of chronic diarrhea rhesus macaques (Macaca mulatta) and its similarity to the human gut microbiome. Microbiome, 10(1), 29. doi:10.1186/s40168-021-01218-3
[3] Ma Z, Zhao X, He A, Cao Y, Han Q, Lu Y, Yong JWH, Huang J. Mycorrhizal symbiosis reprograms ion fluxes and fatty acid metabolism in wild jujube during salt stress. Plant Physiol. 2022 Aug 1;189(4):2481-2499. doi: 10.1093/plphys/kiac239. PMID: 35604107; PMCID: PMC9342988
[4] Moser Tralamazza S, Nanchira Abraham L, Reyes-Avila CS, Corrêa B, Croll D. Histone H3K27 Methylation Perturbs Transcriptional Robustness and Underpins Dispensability of Highly Conserved Genes in Fungi. Mol Biol Evol. 2022 Jan 7;39(1):msab323. doi: 10.1093/molbev/msab323. PMID: 34751371; PMCID: PMC8789075.
