问题的提出：
股东出资义务不适用诉讼时效，是针对全部类型的出资？还是仅针对计入公司注册资金的那部分出资？对于资本公积部分是否适用诉讼时效？
具体分析如下：
1、股东出资义务的法律性质是什么？
股东出资义务是法定性与约定性的统一。其中，法定性是基础和底线，约定性是扩张。
法定性是指股东须按照其承诺真实、准确、及时地缴纳出资，因为出资是公司人格成立的条件，也是公司承担责任的基础。
约定性体现在股东可以约定缴纳期限，但这种约定性只存在于公司法内部关系的视角，涉及外部债权人利益时，应当劣后于法定性，比如出现公司破产或者缴纳期限加速到期等法定情形。
2、什么是资本公积？资本公积的性质是什么？是约定义务还是法定义务？出资溢价的法律意义是什么？
资本公积通常发生在公司增资时，是股权的增值溢价部分。
溢价增资协议的缔约主体通常是新老股东，新股东如果按照股本价增资会不当稀释老股东的利益。
溢价增资协议系涉及第三人利益的合同，其直接受益人是目标公司，因为注册资本和溢价部分都进入目标公司。
溢价增资协议会出现估值偏高或者偏低的情况，所以会有调整估值的对赌协议。
性质上来讲，属于约定产生的义务，但是有其法定性。
3、如何界定资本公积，是已出资到位之后计入资本公积？还是未出资之前先形成资本公积呢？
从实务来看，比如IPO，只要出资协议生效了，就应当纳入资本公积，即资本公积不以实际到账为准，可以有欠账式资本公积。
4、注册资本与资本公积的差异是什么？
公司内部财务记账方式的差异，但是都是来自投资者的投入，都属于股东的出资义务；
注册资本需要对外公示，但是资本公积不需要对外公示；
注册资本是公司人格成立的前提和基础，但是资本公积不涉及公司人格成立与否的评价；
计入资本公积的出资溢价只是注册资本的准备金，经股东会决议，资本公积可以转化为注册资本；
公司法规定股东以其认缴的出资额为限对公司承担有限责任，并没有规定股东的有限责任扩张到出资的溢价部分即资本公积。
5、探讨以上问题时是否要区分公司是封闭公司还是公众公司呢？
应当是无差别的。
6、股东出资义务不适用诉讼时效的法理依据是什么？
主要依据是出资义务的法定性，具体来说：
出资是公司人格成立的条件，也是公司承担责任的基础；
股东身份持续不断，不断滋生出新的权利义务，这种持续性关系不宜适用诉讼时效；
股东出资关系到其他股东和出资人的利益，适用诉讼时效将会打破股东之间的平衡，损害其他股东的利益；
出资关系到公司的偿付能力及责任能力，影响公司债权人利益；
小股东对于大股东与投资人之间的增资协议很难及时获取相关完整信息，因此提起投资人违约之诉的成本较高，应当通过公司诉讼或者股东代表诉讼主张权利为宜；
诉讼时效制度以双务合同为预设场景，以买卖合同为样态，以防止交易链条生锈为诉求，所以在资本交易方面应当限制其适用。
7、比较法视角如何看待？
英美法系从授权资本改为了声明资本，面值制度废除，不存在资本溢价问题。公司章程仅记录股份出售的价款，而不是股票的面值或者代表的股本。而我们国家还在讨论注册资本改为授权资本的问题，其实授权资本在国外已经是摒弃的东西。
初步结论：
不能用诉讼时效这个单一工具来解决复杂的公司法内外部治理问题，基于综合考量，资本公积的缴纳不应当适用诉讼时效制度。
