R语言 Bioconductor包的安装方法变更V3.9
Bioconductor提供了基因组大数据分析的工具,是开源的持续更新的项目。每年会有2次更新。
由于Bioconductor 包的更新与R并不同步,因此,请务必使用Bioconductor 的更新方式进行更新,以免程序出错。
曾经: Bioconductor包的安装方法是这样:
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(“EBImage”)
自上个版本后,Bioconductor 改进了安装方式,使用BiocManager包进行安装。
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(“EBImage”)
再也不用记Bioconductor 的网址了。。。
每次更新R版本后,记得运行
BiocManager::install()
Bioconductor version 3.9 (BiocManager 1.30.4), R 3.6.0 Patched
(2019-05-02 r76454)
Update old packages: 'BBmisc', 'genefilter', 'GenomicAlignments',
'GenomicRanges', 'IRanges', 'MASS', 'reshape2', 'Rgraphviz',
'RJSONIO', 'rtracklayer'
Update all/some/none? [a/s/n]:
检测Bioconductor 包的更新。