“csv”文档
csv可用excel,记事本（用逗号分隔）打开，还可以用软件sublime打开。
R语言读取生成数据框，对数据框的修改不会影响原文件
电脑上文件只有两种：文本；非文本。-----曾健明
分隔符
常见：逗号，空格，制表符（\t）
R语言读取文件
read.csv() # 只读csv
reda.table() # 可以读txt、tsv
write.csv(test,file+"test.csv") #将test数据框生成csv文件
write.table() #同上
Rdata
R语言特有数据储存格式，保存的是变量，不是表格文件，不涉及赋值。
save(test,x,y,file="example.Rdata")#将test,x,y三个变量存为Rdata。
load("example.Rdata")
###Rproject的组织形式
脚本.R，数据.Rdata，表格.txt或.csv
小练习
#1.读取ex1.txt，善用Tab键补齐
EX1 <- read.table("ex1.txt",header = T) #第1行是列名，就增加header=T
#2.读取ex2_B cell receptor signaling pathway.csv
ex2 <- read.csv("ex2_B cell receptor signaling pathway.csv",row.names = 1,check.names = F) #第1列是行名，用row.names=1，列名特殊字符被改为.分隔，用check.names=F恢复。
#3.读取GSE32575_series_matrix.txt，赋值给gse。
gse <- read.table("GSE32575_series_matrix.txt",comment.char = "!",row.names = 1,header = 1)#发现报错，用sublime打开一看这个文件有很多“!”的行，用comment.char="!"后就不会报错。
#4.描述gse的属性
str(gse)
dim(gse)
colnames(gse)
rownames(gse)
class(gse)
#5.将gse导出为新的txt和csv文件。
write.csv(gse,"z.csv")
write.table(gse,"z.txt")
#6.将gse保存为Rdata并加载。
save(gse,ex2,file = "z.Rdata")
又一个小练习
#1.读取complete_set.txt（已保存在工作目录）
ex3 <- read.table("complete_set.txt",header = T)
# 2.查看有多少行、多少列
str(ex3)
# 3.获取行名和列名
rownames(ex3)
colnames(ex3)
# 4.导出为csv格式
write.csv(ex3,"ex3.csv")
# 5.保存为Rdata
save(ex3,file = "ex3.Rdata")
# 6.加载class.Rdata,查看数据类型
load("class.Rdata")
高阶数据读取指南https://www.jianshu.com/p/4ea320c0dcc6
R语言能读取的格式：fasta、fastq等，可以搜一下。
进阶
小洁老师的好物推荐已保存在幕布。
吉米老师的嘱咐
生信基石之R语言
B站的10个小时教学视频务必看完，参考 GitHub 仓库存放的相关学习路线指导资料：https://github.com/jmzeng1314/R_bilibili ，可以参考一些优秀笔记，比如https://mubu.com/doc/2KUiSCfVsg
初级10 个题目：http://www.bio-info-trainee.com/3793.html
中级要求是：http://www.bio-info-trainee.com/3750.html
高级要求是完成20题： http://www.bio-info-trainee.com/3415.html
统计专题 30题：http://www.bio-info-trainee.com/4385.html
可视化专题30题：http://www.bio-info-trainee.com/4387.html
R语言学习的知识点路线图及全部的学习规划见：https://mp.weixin.qq.com/s/xOT4QGQsBMwu6R38AE9Y6A
了解常量和变量概念
加减乘除等运算（计算器）
多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子）
多种数据结构（向量，矩阵，数组，数据框，列表）
文件读取和写出
简单统计可视化
无限量函数学习
建议大家多看各式各样的R学习资料，总有一个能促动到你！
有任何关于课程反馈，发邮件给我，我的邮箱地址是 jmzeng1314@163.com
