HiC-Pro-3.1.0:处理HiC/HiChIP等数据有效工具

写在前面，最近两周下载HiC-Pro令我头大(Fidgety)，一度怀疑这个版本有bug，好在今天打通关了，记录一下。

1. 下载

git clone https://github.com/nservant/HiC-Pro.git

next,

conda env create -f MY_INSTALL_PATH/HiC-Pro/environment.yml -p WHERE_TO_INSTALL_MY_ENV

在此过程中可能需要比较多的依赖关系，下载速度较慢.

2. 配置文件
   这也是最头疼的地方，感觉很凌乱.
   这是我的配置文件，仅供参考.

config-install.txt

#########################################################################
## Paths and Settings  - Start editing here !
#########################################################################

PREFIX = /home/download/HiC-Pro_3.1.0/
BOWTIE2_PATH = /home/download/HiC-pro_conda/bin
SAMTOOLS_PATH = /home/download/HiC-pro_conda/bin
R_PATH = /home/download/HiC-pro_conda/bin/R
PYTHON_PATH = /home/download/HiC-pro_conda/bin
CLUSTER_SYS = TORQUE

注意HiC-pro_conda是之前conda创建环境中的路径WHERE_TO_INSTALL_MY_ENV

config-system.txt

#######################################################################
## HiC-Pro - System settings
#######################################################################
#######################################################################
## Required Software - Specified the DIRECTORY name of the executables
## If not specified, the program will try to locate the executable
## using the 'which' command
#######################################################################
R_PATH =/home/download/HiC-pro_conda/bin/R
BOWTIE2_PATH = /home/download/HiC-pro_conda/bin
SAMTOOLS_PATH = /home/download/HiC-pro_conda/bin
PYTHON_PATH = /home/download/HiC-pro_conda/bin
INSTALL_PATH = /home/download/HiC-Pro_3.1.0//HiC-Pro_3.1.0
SCRIPTS = /home/download/HiC-Pro_3.1.0//HiC-Pro_3.1.0/scripts
SOURCES = /home/download/HiC-Pro_3.1.0//HiC-Pro_3.1.0/scripts/src
ANNOT_DIR = /home/download/HiC-Pro_3.1.0//HiC-Pro_3.1.0/annotation
CLUSTER_SCRIPT = /home/download/tools/HiC-Pro_3.1.0//HiC-Pro_3.1.0/scripts/make_torque_script.sh

成功配置之后，就可以make了.

make configure
make install

正常情况下，输入

HiC-Pro -v

能够正常调用HiC-Pro就说明成功安装。在这个过程中报错也不要担心，大概率是配置文件路径问题，去查看报错内容修改路径就能够correct.

Good luck.

写在后面，科研这条路好难走，时常不知所措。
任重道远。