Linux初窥

Linux与Windows对比

Linux安装软件

安装包安装：

1. rpm格式包：在红帽Linux、SUSE、Fedora可以直接进行安装，但在Ubuntu中却无法识别
2. deb格式包：是Ubuntu的专利，在Ubuntu中双击deb包就可以进入自动安装进程
3. tra.gz格式包：在所有的Linux版本中都能使用（最麻烦！！！）

源代码安装：

https://blog.csdn.net/liupeifeng3514/article/details/79054510

CONDA安装：

1. conda:通用包管理系统（储存仓库），自己可从中选取下载
2. miniconda：只包含最基本的Python和conda（生信基本都用这）
3. anaconda：预装conda，很多包，某个版本Python等等工具

以安装miniconda为例：

查看版本信息.png

官网下载

2. 清华大学开源软件镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
   
   镜像来源
   
   安装方式：
   wget命令：wget [参数] [URL地址] 相当于从官网远程下载软件
   
   wget.png
   
   安装时出现Enter按Enter，出现more一直按Enter直到出现yes/no 输入yes
   
   安装成功.png
   
   关键！！！一定记得激活！！！
   source命令： source命令也称为“点命令”，也就是一个点符号（.）。source命令通常用于重新执行刚修改的初始化文件，使之立即生效，而不必注销并重新登录。
   source ~/.bashrc 激活软件
   
   运行成功.png
   
   配置镜像

conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

#配置清华大学镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes 

使用miniconda下载软件：

conda list 查看conda下所有软件
安装fastqc为例

conda search fastqc

搜索质控软件.png

安装命令conda install fastqc -y

安装fastqc.png

移除命令conda remove fastqc -y

卸载软件

环境变量:

不同软件有不同环境变量

conda工作环境.png

分身运行环境.png

conda学习.png