Linux初窥
Linux与Windows对比
Linux安装软件
安装包安装：
- rpm格式包：在红帽Linux、SUSE、Fedora可以直接进行安装，但在Ubuntu中却无法识别
- deb格式包：是Ubuntu的专利，在Ubuntu中双击deb包就可以进入自动安装进程
- tra.gz格式包：在所有的Linux版本中都能使用（最麻烦！！！）
源代码安装：
https://blog.csdn.net/liupeifeng3514/article/details/79054510
CONDA安装：
- conda:通用包管理系统（储存仓库），自己可从中选取下载
- miniconda：只包含最基本的Python和conda（生信基本都用这）
- anaconda：预装conda，很多包，某个版本Python等等工具
以安装miniconda为例：
查看版本信息.png
下载方式：
1.官网下载：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
官网下载
- 清华大学开源软件镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
镜像来源
安装方式：
wget命令：wget [参数] [URL地址] 相当于从官网远程下载软件
wget.png
安装时出现Enter按Enter，出现more一直按Enter直到出现yes/no 输入yes
安装成功.png
关键！！！一定记得激活！！！
source命令： source命令也称为“点命令”，也就是一个点符号（.）。source命令通常用于重新执行刚修改的初始化文件，使之立即生效，而不必注销并重新登录。
source ~/.bashrc激活软件
运行成功.png
配置镜像
conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。
#配置清华大学镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
使用miniconda下载软件：
conda list 查看conda下所有软件
安装fastqc为例
conda search fastqc
搜索质控软件.png
安装命令
conda install fastqc -y
安装fastqc.png
移除命令conda remove fastqc -y
卸载软件
环境变量:
不同软件有不同环境变量
conda工作环境.png
分身运行环境.png
conda学习.png
