写在前面
Emmm，估摸着也有一个来星期没更新。TBtools？也没怎么更新。总的来说，就一个情况：太忙，没时间。但是想来想去，国庆长假还是要做一点平时想做，却又没时间做的事情。于是，参考手上几个课题的需要，「基因结构注释矫正工具」开发又提上日程。知道我的朋友，或许清楚，其实两三年前，我对 IGV 做了不少改造，主要覆盖两方面：
- 针对植物小RNA测序数据，探索式分析用的 IGV-sRNA
- 针对基因结构注释矫正需求，实时优化注释用的 IGV-GSAme
整体教程推文如下
详细可见链接
https://www.jianshu.com/nb/32900275
其中，IGV-sRNA 在前些日子又重新基于新版本的 IGV 改造了一个，速度以及实现上，优雅了许多，近期应该也就会完全释放了。而 IGV-GSAme，则被直接雪藏了。主要原因是，IGV-sRNA改造的基础上直接粗暴改造的 IGV-GSAme，从某个角度破坏了 IGV 的代码封装，不很优雅。说实话，很长一段时间，我提都不想提这个改造。万万没想到，最近的项目还是用上了 IGV-GSAme，原因无他。市面上根本就找不到一款好用的软件。当然，有相关经验的可能会说 Apollo2 或其他。是的，这个工具太强大的，但他确实不好用。简单来说，安装和配置都很复杂且麻烦。用起来，真的太不方便。无论是基于虚拟机，基于服务器，基于Docker的，我都搞过了，麻烦。
既然长假，我想想，做一点自己想做的事情。归根到底，我想直接定义一类新的 Track，不像以前的 IGV-GSAme 一样改造 GXF 的 Track，也不像 IGV-sRNA 一样拓展已有的 Alignment Track。我要一道全新的 Track，因为只要能实现这类 Track，那么我们就能直接的 IGV 里面玩「俄罗斯方块」或者「贪吃蛇」，感觉挺好....
于是，今天推出「IGV-GSAman」，展开来就是，IGV-Gene Structure Annotation Manipulato，这个名字模仿 DNAman 中的 man。感觉不错。
IGV-GSAman 的安装与使用
Windows 或者是 MacOS 用户，直接双击安装器安装即可。
安装完成后，直接双击图标即可打开，
弹出界面，与 IGV 官方版本完全一致。解压示例数据，可以看到具体文件
按照常规使用，我们直接导入 IGV 就可以看到
而要使用 GSAman 功能，那么非常简单，直接给 GFF3 或者 GTF 注释信息文件添加 .gsaman 后缀，然后导入即可。
第一次导入需要画一点时间，可能文件非常大，比如100Mb以上，要花一两分钟....后续的每次使用，则反而比常规 GFF3 导入更快。
GSAman 特性一：直接修改基因结构注释
正常情况下，可以直接拖拽滑动查看前后。
键盘摁住 Ctrl 或者 Meta 键，鼠标拖拽注释信息，即可实时修改注释。
当然，一定要明白，修改的注释已经实时保存，下次打开，仍然是修改后的注释，所以....完全不担心软件突然崩溃或者是电脑断电等等，这点比 GSAme 好多了。
GSAman 特性二：直接获取 CDS 序列
我想，这个是多少人梦寐以求的功能？总的来说，在IGV中直接获取指定基因的 CDS，可以加速数据分析，这个可能只有用 IGV 探索数据多的朋友才会明白。整体使用简单。
GSAman 特性三：导出 GFF3 文件
当然，从上面菜单可以看到，目前功能较少。不过也满足了常见需求，比如优化注释之后，我们总是希望得到一个可用的 GFF3 文件。这个已经实现。
写在最后
时间有限，没想到一个推文写起来，居然断断续续用了一天。人啊，还是要趁着年轻多做一点事情，尤其是本科生或者研究生阶段。
当然，目前 IGV-GSAman 我还是很满意，尽管现在这个的功能还有待完善。但是，GSAman 底子好，实现逻辑纯粹，完全在我的掌控之内。简单来说，有无限优化和更新的可能。而同时，也直接确认了，接下来确实可以直接在 IGV 里面写一个 Track，可以玩「飞机大战」还是「极限飞车」类似的游戏.....当然，超级玛丽或者也行，就是我写不出来。
