在Linux系统中下载miniconda软件安装并使用

1 安装miniconda

1.1 查看服务器版本

uname -a

1.2 下载Miniconda软件安装包

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

1.3 安装Miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

1.4 激活conda

source ~/.bashrc

1.5 添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

2 使用miniconda

2.1 查看当前服务器上安装的软件

conda list

2.2 搜索fastqc软件

conda research fastqc

2.3 安装fastqc软件

conda install fastqc -y

2.4 指定软件的版本

conda install fastqc=0.11.7 -y

2.5 卸载软件

conda remove fastqc -y

3 conda配置环境

3.1 查看配置的环境

conda info --evns

3.2 创建环境

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

3.3 激活创建的环境

conda activate rna-seq

3.4 退出当前环境

conda deactivate

以上代码来源于生信星球学习小组培训资料