在Linux系统中下载miniconda软件安装并使用
1 安装miniconda
1.1 查看服务器版本
uname -a
1.2 下载Miniconda软件安装包
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
1.3 安装Miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
1.4 激活conda
source ~/.bashrc
1.5 添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
2 使用miniconda
2.1 查看当前服务器上安装的软件
conda list
2.2 搜索fastqc软件
conda research fastqc
2.3 安装fastqc软件
conda install fastqc -y
2.4 指定软件的版本
conda install fastqc=0.11.7 -y
2.5 卸载软件
conda remove fastqc -y
3 conda配置环境
3.1 查看配置的环境
conda info --evns
3.2 创建环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3.3 激活创建的环境
conda activate rna-seq
3.4 退出当前环境
conda deactivate
以上代码来源于生信星球学习小组培训资料
