MapMan是老牌的植物基因功能分析工具，早期是针对基因芯片数据设计，现在可以用于各种模式植物或非模式植物基因集的功能分析，并且该软件一直保持着更新。
完成MapMan分析，只要拿到两个文件即可完成分析：
差异表达基因列表
存储基因信息的Mappings文件（水稻可以直接下载）
- 软件安装
软件官网点击Applications -> ManMan按照下图指示即可下载：
选择系统对应的版本：
文件下载后安装指示一路确定进行安装，安装完成后打开软件，首次打开该软件会进行“Mapman数据库”的下载，可以知道数据库放置的位置。接下来耐心等待下载完成。
- 软件基本使用
软件的基本界面如下：
Experiments：存储你的实验数据，例如差异表达基因和log2FC数值
Pathways：各物种的通路图，不同的基因实际是按照不同的位置在预设好的展示，通过热图的形式展示上下调表达。
ChromosomalViews：你的实验数据在染色体上的展示，没用过。
Mappings：存储不同物种基因信息的文件。
水稻MSU7的Mappings文件可以到其官网下载：
可以看到，亚洲栽培稻有很多Mappings可以下载，根据差异基因格式，我们本次直接下载MSU7_v7。
下载后可以看到，该文件的基本格式如下，使用的格式为MSU7格式的转录本ID。
也可以运行以下脚本，把“.”后面的的数字去掉变成基因ID使用。
#!/usr/bin/env python
# -*- coding:utf-8 -*-
res = open("Osa_MSU_v7_use.txt", "w")
for line in open("Osa_MSU_v7.txt"):
line = line.strip()
loc = line.split("\t")[2]
if loc.startswith("'loc"):
loc = loc.split(".")[0]
loc = loc + "'"
res.write("\t".join(line.split("\t")[0:2]) + "\t" + loc + "\t" + "\t".join(line.split("\t")[3:]) + "\n")
else:
res.write(line + "\n")
res.close()
- 导入下载的Mappings文件
- 导入你的实验数据文件
双击你想要展示的通路
选择刚刚导入的Mappings文件：
得到的结果如下，圆圈内为差异表达基因。说明有3个基因在ABA metabolism过程上调表达了。
可以选择不同的颜色展示热图。
最后：
本文所展示为MapMan在水稻基因功能分析中最基本应该也是最常用的操作。作为为数不多的植物基因功能分析神器，感觉在发表的文章中用的并不多，它有很多隐藏功能还没有使用过，有待以后发掘。
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