植物基因组测序二十年:成就与挑战

在过去的20年里，已经公布了1000多个植物基因组的序列，代表了788个不同的物种，具有高度的多样性。采用新型支架策略的长读测序进一步彻底改变了基因组测序，使得随着基因组复杂性和大小的增加，可以获得更多的植物物种染色体规模的装配。第一批拟南芥和水稻基因组论文的引文树显示了植物基因组学的重大发展和植物基因组使植物生物学所有学科在过去20年的复兴。构建接近完整的基因组、组装复杂基因组和构建参考泛基因组是未来植物基因组测序中最具挑战性的部分。2000年12月，第一个植物参考基因组——拟南芥全基因组序列的公布，标志着植物基因组时代的开始。在过去的20年里，已有数百种植物产生了参考基因组，包括非维管植物和开花植物。释放这些植物基因组极大地促进了植物生物学各学科的研究。重要的是，主要作物及其祖先已经产生了多个参考水平的基因组，从而创造了泛基因组，并探索了现代作物育种可以采用的驯化历史和自然变异。本文综述了植物基因组测序的进展，以及对更复杂的植物基因组进行测序和生成泛基因组所面临的挑战。

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