初识Linux系统
早就听闻Linux系统的大名，因为大家都在说如果要做生信的话，R和Linux系统是基础，但是我却一直找不到方法踏入这扇门。今天就跟着生信星球，跟着花花和豆豆一起来学习Linux系统。
今天的学习内容：
什么是Linux系统，什么是服务器？
Linux是一套免费使用和自由传播的类Unix操作系统，是一个基于POSIX和UNIX的多用户、多任务、支持多线程和多CPU的操作系统。其实，和windows、mac一样，它也就是一个操作系统而已。但是不同于windows一点的是，其重心并不在电脑操作上面，而是在服务器方面。而提到服务器又有另外一个问题了，到底什么是服务器呢？
- 服务器是计算机的一种，只不过和普通的计算机相比，服务器运行更快、负载更高、价格更贵。服务器在网络中为其它客户机（如PC机、智能手机、ATM等终端甚至是火车系统等大型设备）提供计算或者应用服务。服务器具有高速的CPU运算能力、长时间的可靠运行、强大的I/O外部数据吞吐能力以及更好的扩展性。
为什么学习生信要用Linux系统
这个就和linux系统的优点相关了。因为测序的原始数据非常大，如果用普通的计算机来对数据进行清洗的话，毫无疑问，普通的计算机会崩溃，而用服务器和linux系统进行处理的话，就不会出现这样的问题，所以学习生信一般都是需要使用到linux系统的。
怎样召唤linux？
其实使用linux系统的方法有很多，可是在此次课程里面我们主要使用到的主要是云服务器上的linux系统。（收到了花花她们发的账号和密码了）
- mac直接在terminal界面操作就可以了：ssh 用户名@ip地址，例如ssh bio03@120.110.xxx
- windows系统的用户可以下载Xshell和xftp。下载好了之后根据提示输入账号、密码、ip地址就可以了。不过在使用过程中可能会出现掉线的情况，如果掉线了的话，那么重新连接就可以了，或者退出重启。
linux系统的基本操作
pwd
首先，我们可以用pwd这个命令来看一下当前的路径。
这个就是我的工作路径。
mkdir
这个命令的主要作用就是用来建立一个空的目录
比如说，以下的命令
mkdir biosoft #存放生信软件
mkdir project #存放生信项目
mkdir tmp #存放一些其他的临时文件
mkdir sc #存放源代码
ls
输入ls之后主要是查看在当前路径之下的目录或者是文件
这个就是我们刚刚建立好的目录。
rm
这个命令主要是用来删除文件或者目录的。根据要删除的对象，可以将其分为三类：普通文件、空目录、有内容的目录。这几种不同的对象在删除的时候用到的命令是不一样的。并且在删除的时候一定要带上文件名，不然就会出现非常严重的后果。
- 删除文件 rm
-删除空目录 rmdir
-删除非空目录 rm -r(中间要有空格啊)
cd
cd这个命令的后面可以跟一个目录名，这样就可以进到这个目录里面然后进行后续的操作
例子
然后进行刚刚删除文件的演示
vi
vi这个命令主要是用来新建脚本或者是文本文档，相当于是一个文本编辑器。
在进入到文本编辑器之后，要先把输入法切换到英文的输入状态，然后按一下i才可以进入insert模式，这个时候就可以开始编辑了。
在编辑结束之后，要按一下ESC键退出编辑，这个时候在英文状态下输入:x就可以对编辑好的文本或者是脚本进行保存了。
cat
cat这个命令主要是用来查看文本文件的内容的。cat后面接文件的名字就可以了。
head：默认输出前10行
tail：默认输出后10行
上述两个后面如果跟上-n的话就可以自定义输出多少行了。
将vi和cat一起演示
cp
cp这个命令是用来复制文件的
cp file1 file2的意思就是复制file1，命名为file2
可以看到new_file.txt的内容和aaa.txt的内容是一样的。
mv
mv这个命令是将文件放入文件夹，或者重命名
使用：mv file 路径 是将文件file移动到某路径下的意思
使用：mv file1 file2 是将file1重命名为file2的意思
linux系统里面的自动补全
linux系统中可以进行自动补全操作，如果我们想要进入的一个路径其名称特别的长，那么我们可以在输入首字母之后按一下tab键，那么就会自动的补全。（这个时候要求首字母是唯一的）。如果首字母不是唯一的，那就按两下tab键，就会弹出所以以这个字母开头的文件。
