1. 认识CSV格式
打开方式
- 默认excel/numbers表格
- 记事本：逗号分隔列
- sublime（使用大文件）：逗号分隔列
- R语言读取：数据框，可赋值，变量名与文件名无必然联系，对数据框修改不会同步到表格文件
2. 认识分隔符
- 常见：逗号，空格，制表符（\t，Tab）
- CSV = Comma Separated Values，TSV = =Tab Separated Values
- 后缀名没有意义，本质都是纯文本
jimmy：电脑上的文件只有两种，文本与非文本
3. 表格文件读入R语言，成为数据框
read.csv() # 通常读取CSV格式
read.table() # 通常用于读取txt格式
test = read.csv('ex3.csv') # 文件名均需引号
- 读取可能会失败：error或跟想象中不一样，若失败需要指定一些参数
4. 数据框导出，成为表格文件
write.csv() # 存储为CSV格式
write.csv(test,file = 'example.csv')
#test：要导出数据框的变量名，example.csv：导出的文件命名
write.table() # 存储为txt格式
write.table(test,file = 'example.txt')
- 读取-编辑修改-导出
- 不要覆盖原文件
5. R特有的数据格式：Rdata
- R语言特有数据存储格式，无法用其他软件打开
- 保存的是变量，不是表格文件，不涉及赋值
- save()保存，load()加载
save(test,file = 'example.Rdata') # 无论命名如何，均是Rdata文件
load('example.Rdata') #不用赋值，不用写 x = load('example.Rdata')
6.常见错误：找不到文件
- 文件没有存放于工作目录下
- 拼写错误
- 默认参数不适用于你当前读取的文件，也会报错
7. R语言能读取的文件格式
- 通用格式：csv，xls，txt，tsv，json，pdf，spss……
- 生信格式：fasta，fastq，bam，vcf，bed，gtf……
8. 用于读取/导出文件的R包
https://www.jianshu.com/p/4ea320c0dcc6
- 对于常见格式，可以先尝试import导入（其实import是根据fread函数写的）；
- 如果失败，再用fread读取，最多是加个参数，理论上就可以成功；
- 如果还是不行，哈德雷大神写的read_*系列也不是吃素的，拿来试试。
- base包有点笨，但他参数多，更灵活，可以作为一个选择。
