本系列课程要求大家有一定的R语言基础，对于完全零基础的同学，建议去听一下师兄的《生信必备技巧之——R语言基础教程》。本课程将从最基本的绘图开始讲解，深入浅出的带大家理解和运用强大而灵活的ggplot2包。内容包括如何利用ggplot2绘制散点图、线图、柱状图、添加注解、修改坐标轴和图例等。
本次课程所用的配套书籍是：《R Graphic Cookbooks》
除了以上的基本图形外，师兄还会给大家讲解箱线图、提琴图、热图、火山图、气泡图、桑基图、PCA图等各种常用的生信图形的绘制，还不赶紧加入收藏夹，跟着师兄慢慢学起来吧！
R语言绘图练习02 -- 克利夫兰点图：
###########
# 柱状图拓展：克里夫兰点图绘制：
library(gcookbook)
tophit <- tophitters2001[1:25, ] # 取前25行；
# 从最基本的散点图出发
ggplot(tophit, aes(x=avg, y=name))+
geom_point()
克利夫兰点图01
# reorder排序一定要熟练：前面柱状图排序讲过：
ggplot(tophit, aes(x=avg, y=reorder(name, avg))) +
geom_point(size=3) + # 修改点的大小
theme_bw() + # 修改背景
theme(panel.grid.major.x=element_blank(), # 设置纵向网格线为空；
panel.grid.minor.x =element_blank(),
# 设置横向网格线为虚线（dashed）；
panel.grid.major.y =element_line(colour="grey60", linetype="dashed"))
克利夫兰点图02
# 颠倒图形的x轴和y轴；
ggplot(tophit, aes(x=reorder(name,avg), y=avg)) +
geom_point(size=3) +
theme_bw() +
theme(axis.text.x= element_text(angle=60, hjust=1),
panel.grid.major.y=element_blank(),
panel.grid.minor.y =element_blank(),
panel.grid.major.x =element_line(colour="grey60", linetype="dashed"))
克利夫兰点图03
# 按照lg和avg对name进行排序，先按lg排，再按avg排；
nameorder <- tophit$name[order(tophit$lg, tophit$avg)]
# 将name变量转换为因子，因子水平设定为nameorder；
tophit$name <- factor(tophit$name, levels=nameorder)
## 绘制彩色克利夫兰点图：
ggplot(tophit, aes(x=avg, y=name))+
geom_segment(aes(yend=name), xend=0, colour="grey50")+
geom_point(size=3, aes(colour=lg))+ # 设置分组变量；
# limits限定颜色先后顺序；
scale_colour_brewer(palette="Set1", limits=c("NL", "AL"))+
theme_bw() +
theme(panel.grid.major.y =element_blank(), # 去除横向网格线
legend.position=c(1, 0.55), # 设置图例的位置：这里的1指的是与x轴的比例；
# legend.justification=c(1, 0.5)表示图例右边缘中点；
# （1，0）表示右下角，（0，1）表示左上角，以此类推；
legend.justification=c(1, 0.5))
克利夫兰点图04
# 分面绘制：facet_grid()函数：
ggplot(tophit, aes(x=avg, y=name))+
geom_segment(aes(yend=name), xend=0, colour="grey50")+
geom_point(size=3, aes(colour=lg))+
# guides去除图例；
scale_colour_brewer(palette="Set1", limits=c("NL", "AL"),guide = F)+
theme_bw() +
theme(panel.grid.major.y = element_blank()) +
# 一列多行：lg~.；行数等于lg的种类数目；
# scales设置每个分块的单位宽度；space设置每个分块的宽度；
facet_grid(lg~., scales="free_y", space="free_y")
克利夫兰点图05
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