进化的单位是个体，不是种群。基因变异使个体获得新性状。之后自然选择发挥作用。若是那个变异带来的性状是适应自然的，那么个体的繁殖机会将增加，那么他的后代在下一代种群中的比重将更大，因此拥有这一性状的个体将越来越多（基因的遗传）。
神创论者说，不相信基因变异一夜之间能变出一个眼球，一只手掌。其实他们不理解进化论。进化论主张，复杂器官或蛋白质不是通过某种爆炸实现（比如一次变异后突然有了眼球），而是通过不断累加。好的变异在自然选择下被保留，经过几十万代，无数好的变异朝同一方向积累，开始也许只是一层感光细胞。变异是随机的，但在自然选择的作用下，进化之手造出眼球的速度可能是相当快的。
