1. 基于 BWA 进行序列比对

bwa index reference.fasta

bwa mem reference.fasta sample.fasta > alignment.sam

2. 生成 BAM 文件

samtools view -Sb alignment.sam > alignment.bam

samtools sort alignment.bam -o sorted_alignment.bam

samtools index sorted_alignment.bam

3. 调用变异位点

bcftools mpileup -f reference.fasta sorted_alignment.bam | bcftools call -mv -Ov -o variants.vcf

或

gatk HaplotypeCaller    -R reference.fasta     -I sorted_alignment.bam     -O variants.vcf