2022-11-14 count_to_tpm

count2tpm(
  countMat, #表达矩阵， 行为基因
  idType = "Ensembl", #"Ensembl" "ENTREZ","SYMBOL" 
  org = "hsa", #Organism, hsa or mmu 只对通过biomaRt注释的流程有效
  source = "web", #默认是通过biomaRt来获取长度, 
  # 如果设为“default”, 且idType = "Ensembl"，我们提供了length_ensembl这个对象，
  # 通过gencode v22计算获得长度 
  effLength = NULL,   # 大家也可自己提供基因长度的数据，如果提供了effLength这个数据需要明确
  id = "id", # 对应表达矩阵行名
  gene_symbol = "symbol", #哪一列是gene symbol
  length = "eff_length", #哪一列是基因长度
  remove_redundancy = "mean" #使用什么方法来去掉重复的基因：默认mean, 还有sd 或者 median可供选择
)

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