生信软件：phyml - 简书 (jianshu.com)
Linux中$PATH详解_虽迟但到灬的博客-CSDN博客_linux path
搞了半天，佛了，拜托不要漏掉关键的步骤阿喂，也有可能是我太新手了，可恶啊
下载安装PhyML
wget http://atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/PhyML-3.1.zip
unzip PhyML-3.1.zip
#设置环境变量，我不知道不设置的话能不能用，还没试过
export PATH=$PATH:/路径/PhyML-3.1/
echo $PATH #查看环境变量，不过export是临时添加，不是永久添加
然后使用phyml-3.1_linux64!没有一个教程告诉我这件事，可恶
./PhyML-3.1_linux64 -i papertreetest2.phy -d aa -b 100 -m JTT -f m -v e -a e -o tlr
-i 输入文件，一般是.phy文件，上一个文档的MAFFT可以输出
-d 数据类型，有nt,aa,generic
-b bootstrp次数，>70比较具有可信度
-m 替代类型
核酸：HKY85,JC69,K80,F81,TN93,GTR
氨基酸：LG,WAG,JTT,MtREV,Dayhoff,DCMut,RtREV,CpREV,VT,Blosum62,MtMam,HIVw,HIVb
-f 设置频率计算的方法，有e(使用比对结果中不同氨基酸或碱基出现的频率来计算),m(最大似然法计算碱基频率),fA,fC,fG,fT(四个浮点数，表示四种碱基的频率，仅适合核酸序列)
-v 设置不变位点的比例，0到1之间的一个值，或者使用e表示程序获得其最大似然估计值
-a gamma分布的参数，是个正数，或者使用e表示程序获得其最大似然估计值，在ProTest软件给出的最优模型中含有G时使用该参数
-o 参数优化的选项，t表示对tree topology进行优化，l表示对branch length进行优化，r表示对rate parameters优化，n表示都不优化，tlr表示都优化
晕乎乎
image.png
虽然能正常用了，但是稍微多一点序列就很慢，可恶
