彩绘曼陀罗时，你可以任意的使用颜色自由表达自己。传统曼陀罗里有五种基础色，分别是蓝、黄、红、白、黑，并在这五色基础上进行调色。
颜色是我们内心的外射，使用不同的颜色表征了内心不同的能量。先说蓝色，蓝色其实是五个颜色中最为暗冷的颜色。它象征的是一种力量，我们常会看到在寺庙里有很多蓝色的佛像如时轮金刚，它周身都是蓝色的，甚至有些狰狞，其实它是最有力量的。大海也是蓝色，蕴含了丰富的资源，有埋葬、容纳、深邃之意。
黄色是大自然最为明亮的颜色，它是阳光的颜色，最尊贵的最有权威的颜色，我们会看到如来佛祖全身都是金色，是至尊之色。寓意充盈、神性。
红色则是最为艳丽的颜色，它象征的是欲望、爱、激情，如火焰般炙热燃烧，如血液般奔涌有生命力，更象征了女性的爱欲，同时也有伏魔的力量。
另一个颜色是白色。白色象征纯洁，大雪覆盖的世界洁白而纯净，最能体现平静、善良。
再一个颜色是黑色。它就是隐藏一切的颜色，我们管它叫涅槃色，黑色会让我们想到死亡以及像死亡一样的沉寂，但黑色里面其实掩藏着各种生机，所以黑色的力量最为不可测。
