近期在集群跑几个污染分析的流程,从conda新装了blast,之后报错。
BLAST Database error: Error: Not a valid version 4 database.
查询可知,是因为blastn版本跟不上,但事实上我安装了最新的blast,conda查阅版本可知:
conda list
# packages in environment at /data/backup/gxl/3.software/miniconda3/envs/Blast:
#
# Name Version Build Channel
_libgcc_mutex 0.1 conda_forge conda-forge
_openmp_mutex 4.5 2_gnu conda-forge
blast 2.16.0 hc155240_2 bioconda
但是直接查阅blastn版本,结果显示仅为2.7,确实不能兼容最新的数据库格式。
(Blast) $blastn -version
blastn: 2.7.1+
Package: blast 2.7.1, build Oct 18 2017 19:57:24
猜测为conda中的blast打包有问题。我又在本地安装了blast2.15,查阅可看到一切正常,于是本地安装后放到集群使用。
(Blast) root@XFM:/mnt/e# blastn -version
blastn: 2.15.0+
Package: blast 2.15.0, build Nov 10 2023 17:55:33