学习小组Day5笔记-知未

注意：代码需理解其中命令和函数的具体含义，用法如何。
?read.table 命令可查看帮助文档，好好看看example部分。

数据类型：
向量（vector）
矩阵（Matrix）
数组（Array）
数据框（Data frame）
List

一、向量

二、数据框

1、读取本地数据

#获得示例数据框
X<-read.csv('doudou.txt')

示例数据框

注：缺失的值由NA表示。

> read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header = T)
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA
>

read.table()
header来确定数据文件中第一行是不是标题。默认F。
sep指定分隔符，默认是空格。

read.csv()
因为csv就是逗号分割的意思，当然sep必须是逗号。header也是默认有标题的。fill是默认填充的，即遇到行不相等的情况，空白域自动添加既定值。

> a <- read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header = T)

a

2、设置行名和列名

> X <- read.csv('doudou.txt')   #注意这里的变量X是一个数据框
> colnames(X)    #查看列名
[1] "X1" "X2"
> rownames(X)    #查看行名，默认行名为行号，1，2，3，，，
[1] "1" "2" "3" "4" "5"
> colnames(X)[1] <- "bioplanet"   #修改列名

修改列名后

> X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "   ",header =T,row.names=1)
# row.names=1  修改第一列为列名
# rm(X) 可直接销毁对象

修改第一例为列名后

注意：严格区分大小写！

其中出了个小插曲，变量X第二次赋值时一直提示下面报错，最后把X销毁后重新赋值就正常了，按理说变量可以重复赋值呀，报错是咋出来的还是不太明白= =

3、数据框的导出

> write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)
# sep分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认 带双引号）

刚刚的数据框导出

4、变量的保存与重新加载

> save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
> save(X,file="test.RData")             #保存其中一个变量
> load("test.RData")                    #再次使用RData时的加载命令

5、提取元素

> X[1,1]    #第1行第1列
[1] 1
> X[1,]    #第1行
[1] 1
> X[,1]    #第1列
[1]  1 NA NA  3 NA
> X[1]    #第1列
  X2
A  1
B NA
C NA
D  3
E NA
> X[1,2]
NULL
> X[0:1]    #第0列 到 第1列
  X2
A  1
B NA
C NA
D  3
E NA
> X[c(0,1)]    #第0列 和 第1列
  X2
A  1
B NA
C NA
D  3
E NA
> X$X2    # X$列名 ，可tab自动补全，只能选一列
[1]  1 NA NA  3 NA

6、直接使用数据框中的变量

> plot(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width)    #提取某两列做散点图

save(X,file="test.RData")

emm，我推断可能是X变量是空的还没有赋值，或是大小写错误。

(以上学习内容来自微信公众号——生信星球）