conda软件安装

• apt-get 应用商城需要root权限。

• conda软件安装管理器（无需root）

• $ (uname -m) 运行uname -m 命令
  $ () ：运行括号内的命令。

• 百度 清华镜像

  
  
  1.gif
  
  

  演示选的是anaconda,不是迷你版，大家按需下载。

• wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.5.11-Linux-x86_64.sh #在命令行输入wget +刚才复制的网址
  安装过程可参考：https://blog.csdn.net/qq_41661056/article/details/82289684

• conda内的相关指令：
  2018-10-24_212532.png

• 用conda 安装软件(bwa)：
  2018-10-24_215616.png

• 安装完软件要用指令激活，否则软件(bwa)用不了。
  2018-10-24_221530.png

• 激活步骤：source activate rna(rna中包含了bwa,故source activate rna 而不是bwa)：
  2018-10-24_221723.png

• 用conda安装软件，先查找conda里有没有，有再下载：
  2018-10-24_222726.png

• 用conda下载trimmomatic(含于rna,之前已激活rna,故无需再激活，便可使用）:
  2018-10-24_223242.png

• 用conda下载cutadapt(含于rna,之前已激活rna,故无需再激活，便可使用）:
  2018-10-24_224054.png

生物信息学的软件：
质控: 需要fastqc及multiqc trimmomatic, cutadapt,trim-galore
比对： star ，hisat2, bowtie2,tophat, bwa,subread
计数：htseq,bedtools, deeptools

• 用conda下载trim-galore（-y 就是表示yes) ：
  2018-10-25_222410.png

• 使用conda 同时安装hisat2, bowtie2 ：
  2018-10-25_222919.png

• 用conda 同时安装其他软件：
  2018-10-25_223752.png
  
  
  2018-10-25_224851.png

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