R — 长数据宽数据转换

简介

宽数据:宽数据是比较常用的数据收集与储存样式,第一行一般是表头数据,表示观测项目名字,如温度、pH、风速等。每一列包含所观测到的数据。

2.png

长数据:长数据是分析绘图中可能会用到的样式,如将上面的温度、pH、风速等值重叠形成新的一列,表示观测到的值。另外添加一列表示指定值所对应的环境变量名字。


3.png

reshape2

melt函数

melt()可以将宽数据转化为长数据。

  1. 针对数组的melt.array

  2. 针对数据框的melt.data.frame

  3. 针对向量的melt.default

  • id.vars:不需要进行melt的列名,通常会随着melt不停重复堆叠,因此最好为无数学意义整数(变量位置信息)或字符串(名称信息)。
  • measure.vars:观测值列名。
  • variable.name:melt 后观测变量的列名 ,不填默认为 variable
  • na.rm
  • value.name:melt 后观测值的列名, 不填默认为 value
  • factorsAsStrings
data3 <- melt(iris, id.vars = c("Species"))

cast函数 — 没闹明白

  1. acast:返回向量/矩阵/数组

  2. dcast:返回数据框

  • formula:“铸造”公式,为函数的核心参数,函数根据公式进行“铸造”,公式形式为x_variable + x_2 ~ y_variable + y_2 ~ z_variable ~ ... ,左边为标识变量,右边为测量变量,类似于melt函数中的id.vars参数和measure.vars参数
  • fun.aggregate:聚集函数,如mean、median、sum或自定function
  • fill:用于填充缺失值的值
  • drop:默认为TRUE,删除缺失的组合

tidyr

gather函数

将指定列聚集为key 和 value 形式。

data : 数据框

key:gather后存储 key 值的列名

value :gather 后存储 value 值得列名

... :需要要被gather的列,如x:y,表示从 x 到 y 的所有列; -y 表示除了 y 的所有列,支持输入类型和select一样(??select 查看)。

spread函数

gather 的反向操作

最新推出,简单,好用,代码可读性更高

pivot_longer 函数

将宽数据转化为长数据,增加数据行数,减少数据列数。

pivot_longer(data, cols, names_to = "name", names_prefix = NULL,
  names_sep = NULL, names_pattern = NULL, names_ptypes = list(),
  names_repair = "check_unique", values_to = "value",
  values_drop_na = FALSE, values_ptypes = list())

示例:

iris %>% pivot_longer(-Species, 
             names_to = "variable", values_to = "value")
pivot_longer.png

pivot_wider函数

pivot_longer 的反向操作。

pivot_wider(data, id_cols = NULL, names_from = name,
  names_prefix = "", names_sep = "_", names_repair = "check_unique",
  values_from = value, values_fill = NULL, values_fn = NULL)

not uniquely identified

在长数据转换为宽数据的时候,很容易遇到一个问题 — Values in "XX" are not uniquely identified; output will contain list-cols. 字面上看,XX中的值不是唯一标识的,所以输出结果会包含list-cols。

require(tidyverse)
data <- iris[, c(4,5)]
data %>% pivot_wider(names_from =  Species, 
                    values_from = Petal.Width)
not uniquely identified.png

解决办法

以name_from 为分组,给XX一个标识。

set.seed(13)
data <- iris[c(4,5)]
data %>% 
  group_by(Species) %>%
  sample_n(3) %>%
  mutate(index = row_number())
index.png

例子:

require(tidyverse)
data <- iris[c(4,5)]
data %>%
  group_by(Species) %>%
  mutate(index = row_number()) %>%
  pivot_wider(names_from = Species, 
                     values_from = Petal.Width) %>%
  select(-index)
ta_da.png

如果有多列数据,按照分组需求一一分配到group_by()项目中即可。

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