肽库（Peptide library）： 是一组大量的几百万甚至更多的顺序排列多肽，即该长度肽的氨基酸序列的排列组合。组合化学（Combinatorial chemistry, CC）结合高通量筛选（High throughout screening, HTS）技术在一种快速有效的合成和筛选大量分子的方法。

最简单的组合肽库是平行肽库（Parallel library），此肽库中的每一种序列的肽都是在单独的反应器中合成的，保证了肽库的质量。这种方法合成量小，可以通过自动化和微波技术提高效率

     第二种肽库是随机肽库（Random library），每个反应器中生成上百万条不同序列的肽，从而便于快速筛选大量的肽。

      随机肽库的合成(Split and Mix & Pre-mix methods)。合成随机多肽有两种方法。第一种是Split and Mix，该方法分为三个基本步骤：平分（Split）、偶联（Couple）和混合（Mix）。首先平分，将树脂球平分为若干等份，等份数量与肽库的氨基酸种类相同；其次偶联，每一等份加入一份特定对应的氨基酸组份进行彻底反应；最后混匀，这一步将所有等份完全混匀。然后重新平分为与之前相同数目的等份，这样可以得到均匀的等量的多肽混合物。重复这三个基本步骤N次（N为一条目标肽的氨基酸个数），可以快速生成一系列新分子，而树脂球数量不变。树脂球每次只与一种反应物反应，每个树脂球只会产生一种化合物（One-bead one-compound：OBOC library，一树脂球一种肽）。由于每一次都是完全反应，所以混合物中所有的多肽都是等比例的。除去保护基团后，树脂球上的多肽便可以用于测试。 Pre-mix

       由于OBOC方法合成较大的肽库存在其局限性，常用氨基酸预混合液的方法合成混合肽库。这种方法中的用于肽库合成的氨基酸是提前混合的然后偶联到一批树脂球上。在偶联最后一个氨基酸之前，将树脂球平分为N等份（此N等于肽库中氨基酸种类的数量），然后分别添加一种氨基酸进行反应。这样可以得到N末端残基标志的子库。因为每个树脂球都是在相同的环境下同相同的试剂进行反应的，所有这种方法合成的肽库其每个树脂球上都有子库的所有肽的集合。

 定位肽库（Positional Peptide Library）

     在多肽序列的某个特定位点被系统的用其他不同的氨基酸取代，以研究特定位置替代氨基酸的作用。通过测定活性的相应增加，可以判定在这些位点的最优氨基酸。

 重叠肽库（Overlapping Peptide Library）

      这种肽库是由特定肽长（Peptide Length）和步移（Offset Number）的首尾相搭的肽组成，这些肽覆盖完整天然蛋白的全序列，此方法用于筛选线性连续性表位图谱和T-细胞表位。

 Ala筛选库（Alanine Peptide Scanning Library）

       在此类肽库中丙氨酸系统地取代确定的表位中的每一个氨基酸，这种方法用于鉴定多肽各个位点对其活性的必要性。

 截头肽库（Truncation Peptide Library）

      此类肽库用于确定最优表位活性的所需的最少氨基酸长度，建立的方法是系统地除去原多肽中两端的氨基酸而得到的一些列多肽。

 乱序肽库（Scrambled Peptide Library）

      此类肽库的构建是通过产生原有多肽序列的全部重新排列而得，其氨基酸组成与原肽相同但序列不同，可以得到所有可能的替代选择和提供突变程度最高的多肽库。

位点扫描库（Positional Scanning Library） 

    在目的位点上替换全部的天然氨基酸，每条多肽替换一次，可用来鉴别活性最佳的多肽序列。 常用在复杂的蛋白混合物中鉴定T细胞抗原表位，或用相互依赖的子位点来定位底物，以减少合成和筛选工作量。替换可以在一个肽序列的单个或多个位置上进行。利用位置扫描构建的肽库，无论是在表位图谱还是在蛋白质-蛋白质相互作用方面，对研究蛋白质界面都有很大的参考价值。